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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1xg2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the complex between pectin methylesterase and its inhibitor protein | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / PROTEIN-PROTEIN COMPLEX / BETA HELIX / FOUR HELIX BUNDLE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pectinesterase inhibitor activity / fruit ripening / pectinesterase / pectinesterase activity / : / cell wall modification / pectin catabolic process / cell wall / extracellular region / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Actinidia chinensis (オニマタタビ) Solanum lycopersicum (トマト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Di Matteo, A. / Raiola, A. / Camardella, L. / Giovane, A. / Bonivento, D. / De Lorenzo, G. / Cervone, F. / Bellincampi, D. / Tsernoglou, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plant Cell / 年: 2005 タイトル: Structural Basis for the Interaction between Pectin Methylesterase and a Specific Inhibitor Protein 著者: Di Matteo, A. / Giovane, A. / Raiola, A. / Camardella, L. / Bonivento, D. / De Lorenzo, G. / Cervone, F. / Bellincampi, D. / Tsernoglou, D. #1: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2004 タイトル: Pectin methylesterase inhibitor 著者: Giovane, A. / Servillo, L. / Balestrieri, C. / Raiola, A. / D'Avino, R. / Tamburrini, M. / Ciardiello, M.A. / Camardella, L. #2: ジャーナル: Proteins / 年: 2003 タイトル: Tomato pectin methylesterase: modeling, fluorescence, and inhibitor interaction studies-comparison with the bacterial (Erwinia chrysanthemi) enzyme 著者: D'Avino, R. / Camardella, L. / Christensen, T.M. / Giovane, A. / Servillo, L. #3: ジャーナル: Trends Plant Sci. / 年: 2001 タイトル: Pectin methylesterases: cell wall enzymes with important roles in plant physiology 著者: Micheli, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1xg2.cif.gz | 107.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1xg2.ent.gz | 86.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1xg2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/1xg2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/1xg2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34586.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 組織: pericarp / 参照: UniProt: P14280, pectinesterase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 16438.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Actinidia chinensis (オニマタタビ) プラスミド: pPICZalphaA / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X-33 / 参照: UniProt: P83326 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.46 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: magnesium sulfate, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 0.99 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月18日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 56180 / Num. obs: 56180 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.082 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.338 / % possible all: 92.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.9→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 2.561 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.18 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.901→1.95 Å / Total num. of bins used: 20 /
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