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- PDB-1xey: Crystal structure of the complex of Escherichia coli GADA with gl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xey
タイトルCrystal structure of the complex of Escherichia coli GADA with glutarate at 2.05 A resolution
要素Glutamate decarboxylase alpha
キーワードLYASE / GLUTAMATE DECARBOXYLASE / COMPLEX WITH GLUTARATE
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamate decarboxylase / glutamate decarboxylase activity / intracellular pH elevation / L-glutamate catabolic process / pyridoxal phosphate binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B - #50 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 - #160 / Glutamate decarboxylase / Pyridoxal-phosphate binding site / DDC / GAD / HDC / TyrDC pyridoxal-phosphate attachment site. / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B / Pyridoxal phosphate-dependent decarboxylase / Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 ...MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B - #50 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 - #160 / Glutamate decarboxylase / Pyridoxal-phosphate binding site / DDC / GAD / HDC / TyrDC pyridoxal-phosphate attachment site. / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B / Pyridoxal phosphate-dependent decarboxylase / Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Few Secondary Structures / Irregular / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / GLUTARIC ACID / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Glutamate decarboxylase alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Dutyshev, D.I. / Darii, E.L. / Fomenkova, N.P. / Pechik, I.V. / Polyakov, K.M. / Nikonov, S.V. / Andreeva, N.S. / Sukhareva, B.S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Structure of Escherichia coli glutamate decarboxylase (GADalpha) in complex with glutarate at 2.05 angstroms resolution.
著者: Dutyshev, D.I. / Darii, E.L. / Fomenkova, N.P. / Pechik, I.V. / Polyakov, K.M. / Nikonov, S.V. / Andreeva, N.S. / Sukhareva, B.S.
履歴
登録2004年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate decarboxylase alpha
B: Glutamate decarboxylase alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,3658
ポリマ－105,4882
非ポリマー8776
水7,026390
1
A: Glutamate decarboxylase alpha
B: Glutamate decarboxylase alpha
ヘテロ分子

A: Glutamate decarboxylase alpha
B: Glutamate decarboxylase alpha
ヘテロ分子

A: Glutamate decarboxylase alpha
B: Glutamate decarboxylase alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)319,09424
ポリマ－316,4646
非ポリマー2,63018
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area52070 Å2
ΔGint-178 kcal/mol
Surface area86240 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)117.100, 117.100, 196.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Glutamate decarboxylase alpha / GAD-alpha


分子量: 52743.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: GADA / プラスミド: PGAD1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P69908, glutamate decarboxylase
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#4: 化合物 ChemComp-GUA / GLUTARIC ACID / グルタル酸


分子量: 132.115 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H8O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 390 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: PYRIDINE CHLORIDE, GLYCEROL,SODIUM CHLORIDE, SODIUM ACETATE, PEG 3000, pH 4.60, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-6 / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→29.27 Å / Num. all: 60197 / Num. obs: 60197 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 9.97
反射 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.46 / Rsym value: 0.26 / % possible all: 91.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.1.24精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PMM

1pmm


解像度: 2.05→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 4.085 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.183 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19861 2857 5.1 %RANDOM
Rwork0.14803 ---
all0.151 53367 --
obs0.151 53367 89.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.201 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.89 Å2-0.44 Å20 Å2
2---0.89 Å20 Å2
3---1.33 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.199 Å / Luzzati sigma a obs: 0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7107 0 56 390 7553
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0217357
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4461.9519973
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.945895
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.21039
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025735
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.22697
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1240.2301
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2280.274
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1570.219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8621.54484
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.58827176
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6432873
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.334.52797
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.318 225
Rwork0.266 3738

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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