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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1xej | ||||||
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タイトル | THE CRYSTAL STRUCTURES OF LYSOZYME AT VERY LOW LEVELS OF HYDRATION | ||||||
![]() | LYSOZYME | ||||||
![]() | HYDROLASE / O-GLYCOSYL / ENZYME MONOCLINIC 38% R.H. FORM II | ||||||
機能・相同性 | ![]() Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nagendra, H.G. / Sukumar, N. / Vijayan, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Role of water in plasticity, stability, and action of proteins: the crystal structures of lysozyme at very low levels of hydration. 著者: Nagendra, H.G. / Sukumar, N. / Vijayan, M. #1: ![]() タイトル: Characterization of Lysozyme Crystals with Unusually Low Solvent Content 著者: Nagendra, H.G. / Sudarsanakumar, C. / Vijayan, M. #2: ![]() タイトル: Protein Hydration and Water Structure: X-Ray Analysis of a Closely Packed Protein Crystal with Very Low Solvent Content 著者: Madhusudan / Kodandapani, R. / Vijayan, M. #3: ![]() タイトル: Comparison of Radiation Induced Decay and Structure Refinement from X-Ray Data Collected from Lysozyme Crystals at Low and Ambient Temperatures 著者: Young, A.C.M. / Dewan, J.C. / Nave, C. / Tilton, R.F. #4: ![]() タイトル: Crystal Structure of Low Humidity Tetragonal Lysozyme at 2.1-A Resolution. Variability in Hydration Shell and its Structural Consequences 著者: Kodandapani, R. / Suresh, C.G. / Vijayan, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 39.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 26.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 407 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 419.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 19.2 % |
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結晶化 | pH: 4.6 / 詳細: pH 4.6 |
結晶 | *PLUS |
結晶化 | *PLUS 手法: unknown |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1992年10月4日 |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→10 Å / Num. obs: 4847 / % possible obs: 90.49 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.76 % / Rmerge(I) obs: 0.0629 / Net I/σ(I): 14.08 |
反射 シェル | 解像度: 2.061→2.144 Å / 冗長度: 1.65 % / Rmerge(I) obs: 0.307 / Mean I/σ(I) obs: 2.55 / % possible all: 48.5 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 13358 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: THE 38% RELATIVE HUMIDITY FORM I STRUCTURE 解像度: 2.1→10 Å / 交差検証法: A POSTERIORI / σ(F): 4
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原子変位パラメータ | Biso mean: 30.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.15 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.194 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |