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- PDB-1xej: THE CRYSTAL STRUCTURES OF LYSOZYME AT VERY LOW LEVELS OF HYDRATION -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xej
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURES OF LYSOZYME AT VERY LOW LEVELS OF HYDRATION
要素LYSOZYME
キーワードHYDROLASE / O-GLYCOSYL / ENZYME MONOCLINIC 38% R.H. FORM II
機能・相同性
機能・相同性情報


Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily ...Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Nagendra, H.G. / Sukumar, N. / Vijayan, M.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 1998
タイトル: Role of water in plasticity, stability, and action of proteins: the crystal structures of lysozyme at very low levels of hydration.
著者: Nagendra, H.G. / Sukumar, N. / Vijayan, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1995
タイトル: Characterization of Lysozyme Crystals with Unusually Low Solvent Content
著者: Nagendra, H.G. / Sudarsanakumar, C. / Vijayan, M.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1993
タイトル: Protein Hydration and Water Structure: X-Ray Analysis of a Closely Packed Protein Crystal with Very Low Solvent Content
著者: Madhusudan / Kodandapani, R. / Vijayan, M.
#3: ジャーナル: J.Appl.Crystallogr. / 年: 1993
タイトル: Comparison of Radiation Induced Decay and Structure Refinement from X-Ray Data Collected from Lysozyme Crystals at Low and Ambient Temperatures
著者: Young, A.C.M. / Dewan, J.C. / Nave, C. / Tilton, R.F.
#4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1990
タイトル: Crystal Structure of Low Humidity Tetragonal Lysozyme at 2.1-A Resolution. Variability in Hydration Shell and its Structural Consequences
著者: Kodandapani, R. / Suresh, C.G. / Vijayan, M.
履歴
登録1998年1月16日処理サイト: BNL
改定 1.01998年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32016年10月26日Group: Other
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LYSOZYME


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3311
ポリマ－14,3311
非ポリマー00
水1,40578
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)26.345, 55.885, 31.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.98, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 LYSOZYME / HEN (GALLUS GALLUS) EGG-WHITE LYSOZYME / MUCOPEPTIDE / N-ACETYLMURAMYL HYDROLASE


分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / Cell: EGG / 細胞内の位置: CYTOPLASM (WHITE) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 19.2 %
結晶化pH: 4.6 / 詳細: pH 4.6
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: unknown

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1992年10月4日
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→10 Å / Num. obs: 4847 / % possible obs: 90.49 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.76 % / Rmerge(I) obs: 0.0629 / Net I/σ(I): 14.08
反射 シェル解像度: 2.061→2.144 Å / 冗長度: 1.65 % / Rmerge(I) obs: 0.307 / Mean I/σ(I) obs: 2.55 / % possible all: 48.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 13358

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解析

ソフトウェア
名称分類
XENGENデータ収集
XENGENデータ削減
X-PLORモデル構築
PROLSQ精密化
X-PLOR精密化
XENGENデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: THE 38% RELATIVE HUMIDITY FORM I STRUCTURE

解像度: 2.1→10 Å / 交差検証法: A POSTERIORI / σ(F): 4
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 --RANDOM
Rwork0.194 ---
obs-4237 79.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 30.4 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1001 0 0 78 1079
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0120.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0440.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0490.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.71
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3.91.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it4.91
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it5.81.5
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.010.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1210.12
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.2290.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.3650.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.3350.5
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.15
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor24.220
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor2120
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.194
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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