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- PDB-1xdt: COMPLEX OF DIPHTHERIA TOXIN AND HEPARIN-BINDING EPIDERMAL GROWTH ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xdt
タイトルCOMPLEX OF DIPHTHERIA TOXIN AND HEPARIN-BINDING EPIDERMAL GROWTH FACTOR
要素
  • DIPHTHERIA TOXIN
  • HEPARIN-BINDING EPIDERMAL GROWTH FACTOR
キーワードCOMPLEX (TOXIN/GROWTH FACTOR) / COMPLEX (TOXIN-GROWTH FACTOR) / DIPHTHERIA TOXIN / RECEPTOR (受容体) / HEPARIN-BINDING EPIDERMAL GROWTH FACTOR / EPIDERMAL GROWTH FACTOR (上皮成長因子) / COMPLEX (TOXIN-GROWTH FACTOR) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of elastin biosynthetic process / NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase / NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase activity / ERBB2-ERBB4 signaling pathway / positive regulation of keratinocyte migration / PI3K events in ERBB4 signaling / wound healing, spreading of epidermal cells / regulation of heart contraction / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / EGFR interacts with phospholipase C-gamma ...negative regulation of elastin biosynthetic process / NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase / NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase activity / ERBB2-ERBB4 signaling pathway / positive regulation of keratinocyte migration / PI3K events in ERBB4 signaling / wound healing, spreading of epidermal cells / regulation of heart contraction / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / muscle organ development / ERBB2-EGFR signaling pathway / PTK6 promotes HIF1A stabilization / epidermal growth factor receptor binding / positive regulation of wound healing / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / Uptake and function of diphtheria toxin / Signaling by EGFR / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / Signaling by ERBB4 / ERBB2 Regulates Cell Motility / PI3K events in ERBB2 signaling / protein transmembrane transporter activity / SHC1 events in ERBB4 signaling / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / GAB1 signalosome / Nuclear signaling by ERBB4 / Signaling by ERBB2 / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / GRB2 events in ERBB2 signaling / nucleotidyltransferase activity / SHC1 events in ERBB2 signaling / cell chemotaxis / EGFR downregulation / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / growth factor activity / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / epidermal growth factor receptor signaling pathway / Signaling by ERBB2 KD Mutants / Downregulation of ERBB2 signaling / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / endocytic vesicle membrane / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / PIP3 activates AKT signaling / Clathrin-mediated endocytosis / heparin binding / toxin activity / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / positive regulation of cell growth / Extra-nuclear estrogen signaling / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor ligand activity / positive regulation of cell migration / positive regulation of cell population proliferation / 細胞膜 / シグナル伝達 / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Diphtheria toxin, translocation domain / Diphtheria toxin, receptor-binding domain / Diphtheria toxin, receptor-binding domain / Diphtheria toxin, receptor-binding domain superfamily / Diphtheria toxin, R domain / Diphtheria toxin (NAD+-dipthamide ADP-ribosyltransferase) / Diphtheria toxin, catalytic domain / Diphtheria toxin, C domain / Diphtheria toxin, translocation domain superfamily / Diphtheria toxin, T domain ...Diphtheria toxin, translocation domain / Diphtheria toxin, receptor-binding domain / Diphtheria toxin, receptor-binding domain / Diphtheria toxin, receptor-binding domain superfamily / Diphtheria toxin, R domain / Diphtheria toxin (NAD+-dipthamide ADP-ribosyltransferase) / Diphtheria toxin, catalytic domain / Diphtheria toxin, C domain / Diphtheria toxin, translocation domain superfamily / Diphtheria toxin, T domain / Diphtheria Toxin; domain 1 / Diphtheria Toxin, domain 1 / ラミニン / ラミニン / EGF様ドメイン / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF様ドメイン / Globin-like / リボン / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Diphtheria toxin / Proheparin-binding EGF-like growth factor
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Louie, G.V. / Yang, W. / Bowman, M.E. / Choe, S.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of the complex of diphtheria toxin with an extracellular fragment of its receptor.
著者: Louie, G.V. / Yang, W. / Bowman, M.E. / Choe, S.
履歴
登録1997年11月18日処理サイト: BNL
改定 1.01998年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
T: DIPHTHERIA TOXIN
R: HEPARIN-BINDING EPIDERMAL GROWTH FACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,3392
ポリマ－67,3392
非ポリマー00
水86548
1
T: DIPHTHERIA TOXIN
R: HEPARIN-BINDING EPIDERMAL GROWTH FACTOR

T: DIPHTHERIA TOXIN
R: HEPARIN-BINDING EPIDERMAL GROWTH FACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,6784
ポリマ－134,6784
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area12640 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area43090 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)89.400, 103.700, 127.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細DIPHTHERIA TOXIN MOLECULE HAS THE OPEN CONFORMATION, AND DIMERIZES WITH ANOTHER DIPHTHERIA TOXIN MOLECULE.

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要素

#1: タンパク質 DIPHTHERIA TOXIN / / DT


分子量: 58411.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)
細胞内の位置: EXTRACELLULARGlossary of biology / Variant: LYSOGENIZED BY THE CORYNEPHAGE BETA / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P00588, NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase
#2: タンパク質 HEPARIN-BINDING EPIDERMAL GROWTH FACTOR / HBEGF


分子量: 8927.515 Da / 分子数: 1 / Fragment: EXTRACELLULAR DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
細胞内の位置: MEMBRANE-ANCHORED OR EXTRACELLULARLY-RELEASED
生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q99075
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: PROTEIN (15 MG/ML) IN 10 MM TRIS-HCL (PH 7.5), 0.15 M NACL MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF PRECIPITANT CONTAINING 50 MM TRIS-HCL (PH 7.5), 0.15 M NACL, 5% (V/V) GLYCEROL, 22-30% (W/V) ...詳細: PROTEIN (15 MG/ML) IN 10 MM TRIS-HCL (PH 7.5), 0.15 M NACL MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF PRECIPITANT CONTAINING 50 MM TRIS-HCL (PH 7.5), 0.15 M NACL, 5% (V/V) GLYCEROL, 22-30% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 3350; AND EQUILIBRATED BY VAPOR DIFFUSION AGAINST PRECIPITANT, vapor diffusion
結晶化
*PLUS
温度: 23 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
115-30 mg/mlprotein1drop
20.15 M1dropNaCl
310 mMTris-HCl1drop
422-30 %(w/v)PEG33501reservoir
52.0 M1reservoirNaCl
65 %(v/v)glycerol1reservoir
750 mMTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年10月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→25 Å / Num. obs: 54532 / % possible obs: 88.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 27.9
反射 シェル解像度: 2.65→2.74 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.152 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Rsym value: 0.152 / % possible all: 79.2
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 79.2 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1MDT

1mdt


解像度: 2.65→25 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29 750 4.8 %RANDOM
Rwork0.172 ---
obs0.172 15511 88.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 37.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4306 0 0 48 4354
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.34
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it3.451.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it5.212
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it5.232
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it7.352.5
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.77 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 90 5.2 %
Rwork0.245 1627 -
obs--80.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.29
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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