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- PDB-1xbr: T DOMAIN FROM XENOPUS LAEVIS BOUND TO DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xbr
タイトルT DOMAIN FROM XENOPUS LAEVIS BOUND TO DNA
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*TP*G P*TP*GP*AP*AP*AP* TP*T)-3')
  • PROTEIN (T PROTEIN)
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / COMPLEX (TRANSCRIPTION FACTOR-DNA) / TRANSCRIPTION FACTOR / DNA-BINDING PROTEIN / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


embryonic axis specification / determination of left/right symmetry / cell fate specification / mesoderm formation / somitogenesis / heart morphogenesis / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding ...embryonic axis specification / determination of left/right symmetry / cell fate specification / mesoderm formation / somitogenesis / heart morphogenesis / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
Transcription factor, T-box / Transcription factor, Brachyury / T-box transcription factor / Transcription factor, T-box, conserved site / T-box superfamily / T-box transcription factor, DNA-binding domain / T-box domain signature 2. / T-box domain signature 1. / T-box domain profile. / Domain first found in the mice T locus (Brachyury) protein ...Transcription factor, T-box / Transcription factor, Brachyury / T-box transcription factor / Transcription factor, T-box, conserved site / T-box superfamily / T-box transcription factor, DNA-binding domain / T-box domain signature 2. / T-box domain signature 1. / T-box domain profile. / Domain first found in the mice T locus (Brachyury) protein / T-box / p53-like transcription factor, DNA-binding / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / T-box transcription factor T
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Muller, C.W.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1997
タイトル: Crystallographic structure of the T domain-DNA complex of the Brachyury transcription factor.
著者: Muller, C.W. / Herrmann, B.G.
履歴
登録1997年7月16日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01998年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*TP*G P*TP*GP*AP*AP*AP* TP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*TP*G P*TP*GP*AP*AP*AP* TP*T)-3')
A: PROTEIN (T PROTEIN)
B: PROTEIN (T PROTEIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,8844
ポリマ－56,8844
非ポリマー00
水2,576143
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.900, 113.900, 149.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.999762, 0.020839, 0.006386), (0.02061, 0.999211, -0.033957), (-0.007089, -0.033818, -0.999403)
ベクター: 36.1487, 3.8952, 233.1942)

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*TP*G P*TP*GP*AP*AP*AP* TP*T)-3')


分子量: 7367.791 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
解説: PALINDROMIC BINDING SITE OF THE T DOMAIN FROM AN IN VITRO SELECTION EXPERIMENT
#2: タンパク質 PROTEIN (T PROTEIN)


分子量: 21074.268 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: EMBRYO
解説: EUKARYOTIC TRANSCRIPTION FACTOR, TRANSIENTLY EXPRESSED IN THE EMBRYO, REQUIRED FOR MESODERM FORMATION
遺伝子: XBRA / プラスミド: PT7-7 (NOVAGEN) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOSOL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P24781
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 2-8% PEG 8K, 20 MM MGCL2 50 MM NA-ACETATE, PH 4.2 1MM DTT, 5 MM SPERMINE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2NACL11
3HEPES11
4DTT11
5WATER12
6PEG 800012
7MGCL212
8NA ACETATE12
9DTT12
10SPERMINE12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年6月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 22983 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.4 % / Rsym value: 0.036 / Net I/σ(I): 33.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 13.7 / Rsym value: 0.136 / % possible all: 98.9
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.4 % / Num. measured all: 101653
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 2.59 Å / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.136 / Mean I/σ(I) obs: 13.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CCP4PROGRAMSモデル構築
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.5→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Data cutoff high absF: 1000000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 2262 9.8 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.215 22899 98.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2954 978 0 143 4075
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.41
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.46
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.411.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.612
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.822
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it3.062.5
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rms dev Biso : 1.85 Å2 / Rms dev position: 0.32 Å / Weight Biso : 1 / Weight position: 10

Ens-IDDom-IDNCS model details
11RESTRAINTS
22
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 279 9.6 %
Rwork0.306 2495 -
obs--98.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA.PARAMTOPH19.PEP
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19.SOLDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION4TOPH19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.46
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.306

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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