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万見
- PDB-1xb8: Zn substituted form of D62C/K74C double mutant of Pseudomonas Aer... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xb8
タイトルZn substituted form of D62C/K74C double mutant of Pseudomonas Aeruginosa Azurin
要素Azurin
キーワードELECTRON TRANSPORT / Azurin / Thermostability / Mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


transition metal ion binding / periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding / zinc ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Azurin / : / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Tigerstrom, A. / Schwarz, F. / Karlsson, G. / Okvist, M. / Alvarez-Rua, C. / Maeder, D. / Robb, F.T. / Sjolin, L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Effects of a novel disulfide bond and engineered electrostatic interactions on the thermostability of azurin
著者: Tigerstrom, A. / Schwarz, F. / Karlsson, G. / Okvist, M. / Alvarez-Rua, C. / Maeder, D. / Robb, F.T. / Sjolin, L.
履歴
登録2004年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Azurin
C: Azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9784
ポリマ－27,8482
非ポリマー1312
水3,243180
1
A: Azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9892
ポリマ－13,9241
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9892
ポリマ－13,9241
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)113.140, 50.038, 57.722
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.51, 90.00
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Azurin


分子量: 13923.817 Da / 分子数: 2 / 変異: D62C/K74C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: AZU / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00282
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Cacodylate, 30% PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION ENHANCE ULTRA / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: OXFORD ONYX CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月27日 / 詳細: Osmic mirror
放射モノクロメーター: Osmic mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50.25 Å / Num. all: 18766 / Num. obs: 18766 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 4.04 % / Biso Wilson estimate: 20.44295 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 2→2.15 Å / 冗長度: 4.03 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 3.06 / Num. unique all: 3302 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5.2精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AZU

1azu


解像度: 2→50.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 8.423 / SU ML: 0.125 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23562 963 5 %RANDOM
Rwork0.19208 ---
all0.19428 18145 --
obs0.19428 18145 99.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.846 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.41 Å20 Å2-0.16 Å2
2--0.91 Å20 Å2
3----0.65 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.163 Å0.182 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1913 0 2 180 2095
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221955
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021710
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6111.9492640
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86334028
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9915251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.70826.2580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.63215347
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg3.309152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2299
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022171
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02353
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.2420
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.190.21716
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.2956
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.21127
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.2138
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1270.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1760.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2350.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0451.51600
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1941.5525
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.22822014
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0453803
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8814.5626
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.218 74 -
Rwork0.217 1306 -
obs--99.71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2273-0.3633-0.47570.93280.11391.5415-0.1832-0.0084-0.0716-0.0330.11880.0636-0.0061-0.0610.06440.02540.01260.00110.15520.00880.008332.7180.2636.016
21.47210.398-0.56531.0987-0.25630.7209-0.1234-0.3729-0.0665-0.1208-0.0169-0.06520.10980.15150.1403-0.03550.08840.03310.29280.0457-0.04065.60716.07717.881
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 1282 - 128
2X-RAY DIFFRACTION1AC10011
3X-RAY DIFFRACTION2CB3 - 1283 - 128
4X-RAY DIFFRACTION2CD50011

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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