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万見
- PDB-1xb4: Crystal structure of subunit VPS25 of the endosomal trafficking c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xb4
タイトルCrystal structure of subunit VPS25 of the endosomal trafficking complex ESCRT-II
要素Hypothetical 23.6 kDa protein in YUH1-URA8 intergenic region
キーワードUNKNOWN FUNCTION / winged helix
機能・相同性
機能・相同性情報


ESCRT II complex / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / ATP export / protein targeting to vacuole / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / structural molecule activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
"Winged helix" DNA-binding domain. Chain C. Domain 1 / ESCRT-II complex, Vps25 subunit, N-terminal winged helix / ESCRT-II complex, Vps25 subunit / ESCRT-II complex subunit / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Vacuolar protein-sorting-associated protein 25
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Weissenhorn, W. / Wernimont, A.K.
引用ジャーナル: BMC Struct.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of subunit VPS25 of the endosomal trafficking complex ESCRT-II.
著者: Wernimont, A.K. / Weissenhorn, W.
履歴
登録2004年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical 23.6 kDa protein in YUH1-URA8 intergenic region
B: Hypothetical 23.6 kDa protein in YUH1-URA8 intergenic region
C: Hypothetical 23.6 kDa protein in YUH1-URA8 intergenic region
D: Hypothetical 23.6 kDa protein in YUH1-URA8 intergenic region


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,3314
ポリマ－94,3314
非ポリマー00
水28816
1
A: Hypothetical 23.6 kDa protein in YUH1-URA8 intergenic region
B: Hypothetical 23.6 kDa protein in YUH1-URA8 intergenic region


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1652
ポリマ－47,1652
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1130 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area18540 Å2
手法PISA
2
C: Hypothetical 23.6 kDa protein in YUH1-URA8 intergenic region
D: Hypothetical 23.6 kDa protein in YUH1-URA8 intergenic region


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1652
ポリマ－47,1652
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1200 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area17970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.360, 123.660, 140.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Hypothetical 23.6 kDa protein in YUH1-URA8 intergenic region / Vps25


分子量: 23582.650 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: YJR102C, J1957 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P47142
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 8000, Magnesium acetate, glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID2910.97914
シンクロトロンESRF ID14-320.931
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979141
20.9311
反射解像度: 3.05→27.4 Å / Num. obs: 18350

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ProDCデータ収集
XDSデータ削減
SOLVE位相決定
CNS1精密化
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.1→25 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.327 790 -random
Rwork0.327 ---
all0.273 17504 --
obs0.273 16404 93.7 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5757 0 0 16 5773

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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