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- PDB-1xax: NMR structure of HI0004, a putative essential gene product from H... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xax
タイトルNMR structure of HI0004, a putative essential gene product from Haemophilus influenzae
要素Hypothetical UPF0054 protein HI0004
キーワードstructural genomics / unknown function / Haemophilus influenzae / MMP / hydrolase / protein structure initiative / S2F / Structure 2 Function Project
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA endonuclease activity / metalloendopeptidase activity / rRNA processing / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain / Endoribonuclease YbeY, conserved site / Uncharacterized protein family UPF0054 signature. / Endoribonuclease YbeY / Metalloprotease catalytic domain superfamily, predicted / Endoribonuclease YbeY / Collagenase (Catalytic Domain) / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Endoribonuclease YbeY
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法溶液NMR / distance geometry, simulated annealing, torsion angle dynamics
データ登録者Yeh, D.C. / Parsons, J.F. / Parsons, L.M. / Liu, F. / Eisenstein, E. / Orban, J. / Structure 2 Function Project (S2F)
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2005
タイトル: NMR structure of HI0004, a putative essential gene product from Haemophilus influenzae, and comparison with the X-ray structure of an Aquifex aeolicus homolog
著者: Yeh, D.C. / Parsons, L.M. / Parsons, J.F. / Liu, F. / Eisenstein, E. / Orban, J.
#1: ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 2004
タイトル: NMR assignment of the hypothetical protein HI0004 from Haemophilus Influenzae - a putative essential gene product
著者: Yeh, D.C. / Parsons, J.F. / Parsons, L.M. / Liu, F. / Eisenstein, E. / Orban, J.
履歴
登録2004年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical UPF0054 protein HI0004


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3691
ポリマ－17,3691
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical UPF0054 protein HI0004


分子量: 17369.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P71335

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 13C-separated NOESY
131HN(CA)CB
141CBCA(CO)NH
151C(CO)NH
161H(CCO)NH
NMR実験の詳細Text: NH residual dipolar coupling were used for validation of structure

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試料調製

詳細内容: 1mM U-15N,13C hi0004, 50mM phosphate buffer, 10mM NaCl
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 50mM phosphate, 100mM NaCl / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1Clore, M.構造決定
CNS1.1Clore, M.精密化
精密化手法: distance geometry, simulated annealing, torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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