ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHASES | | 位相決定 | X-PLOR | 3.851 | モデル構築 | X-PLOR | 3.851 | 精密化 | XENGEN | | データ削減 | XENGEN | | データスケーリング | X-PLOR | 3.851 | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 3.2→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.259 | 510 | 5.3 % | RANDOM |
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Rwork | 0.221 | - | - | - |
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obs | 0.221 | 9685 | 95.1 % | - |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21.7 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.4 Å | 0.33 Å |
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Luzzati d res low | - | 8 Å |
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Luzzati sigma a | 0.12 Å | 0.17 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→8 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1572 | 0 | 0 | 0 | 1572 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | x_bond_d0.009 | X-RAY DIFFRACTION | x_bond_d_na | X-RAY DIFFRACTION | x_bond_d_prot | X-RAY DIFFRACTION | x_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | x_angle_d_na | X-RAY DIFFRACTION | x_angle_d_prot | X-RAY DIFFRACTION | x_angle_deg1.4 | X-RAY DIFFRACTION | x_angle_deg_na | X-RAY DIFFRACTION | x_angle_deg_prot | X-RAY DIFFRACTION | x_dihedral_angle_d27.1 | X-RAY DIFFRACTION | x_dihedral_angle_d_na | X-RAY DIFFRACTION | x_dihedral_angle_d_prot | X-RAY DIFFRACTION | x_improper_angle_d0.64 | X-RAY DIFFRACTION | x_improper_angle_d_na | X-RAY DIFFRACTION | x_improper_angle_d_prot | X-RAY DIFFRACTION | x_mcbond_it | X-RAY DIFFRACTION | x_mcangle_it | X-RAY DIFFRACTION | x_scbond_it | X-RAY DIFFRACTION | x_scangle_it | | | | | | | | | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.2→3.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.034 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.277 | 66 | 4.5 % |
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Rwork | 0.264 | 1393 | - |
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obs | - | - | 87.3 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PROX-RAY DIFFRACTION | 2 | | | | |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement |
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精密化 | *PLUS |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | x_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | x_dihedral_angle_deg27.1 | X-RAY DIFFRACTION | x_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | x_improper_angle_deg0.64 | | | | |
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.264 |
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