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万見
- PDB-1x9i: Crystal structure of Crystal structure of phosphoglucose/phosphom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1x9i
タイトルCrystal structure of Crystal structure of phosphoglucose/phosphomannose phosphoglucose/phosphomannoseisomerase from Pyrobaculum aerophilum in complex with glucose 6-phosphate
要素glucose-6-phosphate isomerase
キーワードISOMERASE / enzyme / crenarchaeon / hyperthermophile / PGI superfamily / glucose 6-phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


mannose-6-phosphate isomerase / mannose-6-phosphate isomerase activity / carbohydrate derivative metabolic process / glucose-6-phosphate isomerase / glucose-6-phosphate isomerase activity / carbohydrate derivative binding / carbohydrate metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bifunctional phosphoglucose/phosphomannose isomerase, SIS domain 1 / Bifunctional glucose-6-phosphate/mannose-6-phosphate isomerase, C-terminal / Bacterial phospho-glucose isomerase C-terminal SIS domain / SIS domain / SIS domain profile. / SIS domain superfamily / Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUCOSE-6-PHOSPHATE / : / Bifunctional phosphoglucose/phosphomannose isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrobaculum aerophilum (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 精密化 / 解像度: 1.16 Å
データ登録者Swan, M.K. / Hansen, T. / Schoenheit, P. / Davies, C.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Structural basis for phosphomannose isomerase activity in phosphoglucose isomerase from Pyrobaculum aerophilum: a subtle difference between distantly related enzymes.
著者: Swan, M.K. / Hansen, T. / Schoenheit, P. / Davies, C.
#1: ジャーナル: To be published
タイトル: A novel phosphoglucose isomerase/phosphomannose isomerase from the crenarchaeon Pyrobaculum aerophilum is a member of the PGI superfamily: structural evidence at 1.16 A resolution
著者: Swan, M.K. / Hansen, T. / Schoenheit, P. / Davies, C.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of phosphoglucose/phosphomannose isomerase from Pyrobaculum aerophilum
著者: Swan, M.K. / Hansen, T. / Schoenheit, P. / Davies, C.
履歴
登録2004年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: glucose-6-phosphate isomerase
B: glucose-6-phosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,8866
ポリマ－67,1822
非ポリマー7044
水10,070559
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7800 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area20740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.9, 100.8, 56.1
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.8, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological unit is a dimer. The asymmetric unit is a dimer.

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要素

#1: タンパク質 glucose-6-phosphate isomerase


分子量: 33590.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrobaculum aerophilum (古細菌) / 遺伝子: PAE1610 / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109
参照: GenBank: 18312750, UniProt: Q8ZWV0*PLUS, glucose-6-phosphate isomerase, mannose-6-phosphate isomerase
#2: 化合物 ChemComp-G6Q / GLUCOSE-6-PHOSPHATE


分子量: 260.136 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13O9P
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 559 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25% polyethylene glycol 8000, 0.22M ammonium sulphate, 100mM Tris, pH 8.5 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.16→36 Å / Num. all: 176109 / Num. obs: 176109 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 10 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 40
反射 シェル解像度: 1.16→1.2 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.233 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 15133 / Rsym value: 0.233 / % possible all: 77.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 精密化
開始モデル: pdb entry 1tzb

1tzb


解像度: 1.16→36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 0.886 / SU ML: 0.019 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.039 / ESU R Free: 0.036 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.164 8871 5 %RANDOM
Rwork0.147 ---
all0.148 176101 --
obs0.148 176101 90.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.014 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.26 Å20 Å2-0.38 Å2
2--0.26 Å20 Å2
3----0.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.16→36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4707 0 44 559 5310
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0224968
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024749
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3331.9816769
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.881311053
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.325608
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.95623.365211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.85515877
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5841542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2796
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025384
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02958
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.2991
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1830.24959
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1740.22475
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.22838
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1170.2429
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.180.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2110.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0920.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0761.53936
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4511.51218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.29724993
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.88432208
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4964.51771
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.995311539
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free3.9743559
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.57539613
LS精密化 シェル解像度: 1.16→1.19 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.197 552 -
Rwork0.176 10278 -
obs-10830 74.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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