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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1x8q | ||||||
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タイトル | 0.85 A Crystal Structure Of Nitrophorin 4 From Rhodnius Prolixus in Complex with Water at pH 5.6 | ||||||
要素 | Nitrophorin 4 | ||||||
キーワード | LIGAND BINDING PROTEIN / Lipocalin / beta barrel / ferric heme | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nitrite dismutase / histamine binding / nitric oxide binding / vasodilation / oxidoreductase activity / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rhodnius prolixus (カメムシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 0.85 Å | ||||||
データ登録者 | Kondrashov, D.A. / Roberts, S.A. / Weichsel, A. / Montfort, W.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004 タイトル: Protein functional cycle viewed at atomic resolution: conformational change and mobility in nitrophorin 4 as a function of pH and NO binding 著者: Kondrashov, D.A. / Roberts, S.A. / Weichsel, A. / Montfort, W.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1x8q.cif.gz | 114 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1x8q.ent.gz | 86.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1x8q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1x8q_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1x8q_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1x8q_validation.xml.gz | 14.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1x8q_validation.cif.gz | 22.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x8/1x8q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x8/1x8q | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological assembly is a monomer consisting of chain A and the heme, and can be generated by the identity operation: x,y,z |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20292.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodnius prolixus (カメムシ) / プラスミド: PET17B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q94734 |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 24.3 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: PEG 4000, sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月24日 / 詳細: Bent conical Si-mirror (Rh coating) |
放射 | モノクロメーター: Bent Ge(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.85→22 Å / Num. all: 113651 / Num. obs: 113651 / % possible obs: 80.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 19.4 |
反射 シェル | 解像度: 0.85→0.88 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 8407 / Rsym value: 0.23 / % possible all: 63.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 1D2U 解像度: 0.85→6 Å / Num. parameters: 18103 / Num. restraintsaints: 19193 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY 3.9%. Hydrogens were added in calculated positions, further reducing free R by 1%.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 12.1 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.097 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Num. disordered residues: 103 / Occupancy sum hydrogen: 1394.2 / Occupancy sum non hydrogen: 1802.79 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.85→6 Å
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拘束条件 |
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