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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1x8p | ||||||
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タイトル | 0.85 A Crystal Structure Of Nitrophorin 4 From Rhodnius Prolixus Complexed With Ammonia at pH 7.4 | ||||||
![]() | Nitrophorin 4 | ||||||
![]() | LIGAND BINDING PROTEIN / Lipocalin / beta barrel / ferric heme | ||||||
機能・相同性 | ![]() nitrite dismutase / histamine binding / nitric oxide binding / vasodilation / oxidoreductase activity / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kondrashov, D.A. / Roberts, S.A. / Weichsel, A. / Montfort, W.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Protein functional cycle viewed at atomic resolution: conformational change and mobility in nitrophorin 4 as a function of pH and NO binding 著者: Kondrashov, D.A. / Roberts, S.A. / Weichsel, A. / Montfort, W.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 111.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 84.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 781.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 785.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological assembly is a monomer consisting of chain A and the heme, and can be generated by the identity operation: x,y,z |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20292.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 化合物 | ChemComp-NH3 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 24.7 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: ammonium phosphate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月24日 / 詳細: Bent conical Si-mirror (Rh coating) |
放射 | モノクロメーター: Bent Ge(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.85→22 Å / Num. all: 113853 / Num. obs: 113853 / % possible obs: 82.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 10.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rsym value: 0.038 / Net I/σ(I): 18.5 |
反射 シェル | 解像度: 0.85→0.88 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 7576 / Rsym value: 0.32 / % possible all: 56.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1D2U 解像度: 0.85→6 Å / Num. parameters: 17834 / Num. restraintsaints: 18989 Isotropic thermal model: anisotropic except for residues 32-36 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY 4%. Addition of hydrogens in calculated positions further reduced free R by 1%
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原子変位パラメータ | Biso mean: 14.3 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.117 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Num. disordered residues: 99 / Occupancy sum hydrogen: 1354.73 / Occupancy sum non hydrogen: 1789.02 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.85→6 Å
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拘束条件 |
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