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- PDB-1x8k: Crystal structure of retinol dehydratase in complex with anhydror... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1x8k
タイトルCrystal structure of retinol dehydratase in complex with anhydroretinol and inactive cofactor PAP
要素retinol dehydratase
キーワードTRANSFERASE / sulfotransferase / dehydratase / anhydroretinol
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfotransferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sulfotransferase domain / Sulfotransferase domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / ANHYDRORETINOL / ETHYL MERCURY ION / Retinol dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Pakhomova, S. / Buck, J. / Newcomer, M.E.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2005
タイトル: The structures of the unique sulfotransferase retinol dehydratase with product and inhibitors provide insight into enzyme mechanism and inhibition.
著者: Pakhomova, S. / Buck, J. / Newcomer, M.E.
履歴
登録2004年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年8月24日Group: Atomic model
改定 1.42021年10月20日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_remark ...database_2 / pdbx_database_remark / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_remark.text / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
Remark 999SEQUENCE Author states that there is an error in the sequence database. PHE142 is actually SER142.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: retinol dehydratase
B: retinol dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,97710
ポリマ－83,0472
非ポリマー1,9318
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.286, 66.661, 84.464
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.66, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 6 - 349 / Label seq-ID: 6 - 349

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細The biological assembly is a dimer

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 retinol dehydratase


分子量: 41523.355 Da / 分子数: 2 / 変異: C258S,C279S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
プラスミド: PET-19B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q26490

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非ポリマー , 5種, 82分子

#2: 化合物 ChemComp-EMC / ETHYL MERCURY ION


分子量: 229.651 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5Hg
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-ANR / ANHYDRORETINOL / (6E)-6-[(2E,4E,6E)-3,7-DIMETHYLNONA-2,4,6,8-TETRAENYLIDENE]-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXENE / (2E,4E,6E)-1-[(1Z)-2,6,6-トリメチル-2-シクロヘキセニリデン]-3,7-ジメチル-2,4,6(以下略)


分子量: 268.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28
#5: 化合物 ChemComp-A3P / ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / アデノシン3′,5′-ビスりん酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.25 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 7.5% PEG4000, 0.1M Na Hepes, 0.05M calcium chloride, 4% glycerol, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年6月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→100 Å / Num. obs: 20545 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Rsym value: 0.113 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 1612 / Rsym value: 0.404 / % possible all: 81.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1FMJ

1fmj


解像度: 2.75→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.87 / SU B: 15.677 / SU ML: 0.303 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.406 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25506 1822 8.6 %RANDOM
Rwork0.19363 ---
all0.199 19249 --
obs0.19905 19249 95.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.682 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.44 Å20 Å2-1.04 Å2
2---0.86 Å20 Å2
3----0.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5696 0 102 74 5872
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0225962
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5251.9828081
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7895686
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2830
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024638
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.22781
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1510.2206
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0510.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2240.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1450.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3981.53454
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.80925573
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3132508
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1684.52508
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2842 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.190.5
medium thermal0.412
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.819 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.343 82
Rwork0.315 1000
obs-1082
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.79220.2496-0.19561.8159-0.76471.9204-0.10950.01920.0481-0.03470.0808-0.06940.0265-0.00550.02870.0632-0.0059-0.01620.0431-0.03870.042210.6456-3.041435.6256
21.5053-0.01890.19921.85320.25131.78850.01230.0134-0.0854-0.11950.0736-0.0031-0.06540.0083-0.08590.0544-0.032400.03750.01260.05354.55144.08616.9673
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA6 - 3496 - 349
2X-RAY DIFFRACTION2BB6 - 3496 - 349

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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