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- PDB-1fmj: CRYSTAL STRUCTURE OF MERCURY DERIVATIVE OF RETINOL DEHYDRATASE IN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fmj
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF MERCURY DERIVATIVE OF RETINOL DEHYDRATASE IN A COMPLEX WITH RETINOL AND PAP
要素RETINOL DEHYDRATASE
キーワードTRANSFERASE / sulfotransferase / dehydratase / retinol / adenosine 3' / 5'-diphosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfotransferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sulfotransferase domain / Sulfotransferase domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / : / RETINOL / Retinol dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Pakhomova, S. / Kobayashi, M. / Buck, J. / Newcomer, M.E.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: A helical lid converts a sulfotransferase to a dehydratase.
著者: Pakhomova, S. / Kobayashi, M. / Buck, J. / Newcomer, M.E.
履歴
登録2000年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RETINOL DEHYDRATASE
B: RETINOL DEHYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,82214
ポリマ－83,1112
非ポリマー2,71112
水4,918273
1
A: RETINOL DEHYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9117
ポリマ－41,5551
非ポリマー1,3566
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RETINOL DEHYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9117
ポリマ－41,5551
非ポリマー1,3566
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.429, 66.183, 83.336
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.89, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 RETINOL DEHYDRATASE


分子量: 41555.480 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
プラスミド: PET-15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q26490

-
非ポリマー , 5種, 285分子

#2: 化合物
ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-A3P / ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / アデノシン3′,5′-ビスりん酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2
#5: 化合物 ChemComp-RTL / RETINOL / レチノ-ル


分子量: 286.452 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H30O
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.5 %
結晶化温度: 284 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: PEG 3350, calcium chloride, Hepes, glycerol, EMTS, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 284K
結晶化
*PLUS
詳細: Pakhomova, S., (2000) Acta Crystallogr.D56, 1641. / PH range low: 6.8 / PH range high: 6.6
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mg/mlprotein1drop
280 %PEG33501reservoir
350 mM1reservoirCaCl2
4100 mMHEPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D / 波長: 1
検出器検出器: CCD / 日付: 1999年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 102345 / Num. obs: 48540 / % possible obs: 88.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.95 % / Biso Wilson estimate: 18.8 Å2 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 2.34 % / Mean I/σ(I) obs: 6.58 / Num. unique all: 3428 / Rsym value: 0.227 / % possible all: 84.6
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.084
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 84.6 % / Rmerge(I) obs: 0.227

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FMJ

解像度: 2→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high rms absF: 725615.76 / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 3576 7.6 %random
Rwork0.231 ---
all-69313 --
obs-46863 88.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: flat model / Bsol: 54.72 Å2 / ksol: 0.41 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.32 Å20 Å2-2.26 Å2
2---0.38 Å20 Å2
3----0.94 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.28 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5644 0 106 273 6023
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.851.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.352
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.312
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.852.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2A3P_XPLOR_PAR.TXTA3P_XPLOR_TOP.TXT
X-RAY DIFFRACTION3LIGANDS1.PARRTL_XPLOR_TOP.TXT
X-RAY DIFFRACTION4WATER.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION5CIS_PEPTIDE.PARAMION.PAR
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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