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- PDB-1x36: T=1 capsid of an amino-terminal deletion mutant of SeMV CP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1x36
タイトルT=1 capsid of an amino-terminal deletion mutant of SeMV CP
要素Coat protein
キーワードVIRUS / T=1 capsid / N-ARM / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


T=3 icosahedral viral capsid / structural molecule activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Plant viruses icosahedral capsid proteins 'S' region signature. / Icosahedral viral capsid protein, S domain / Viral coat protein (S domain) / Jelly Rolls - #20 / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Sesbania mosaic virus (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Sangita, V. / Satheshkumar, P.S. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Structure of a mutant T=1 capsid of Sesbania mosaic virus: role of water molecules in capsid architecture and integrity.
著者: Sangita, V. / Satheshkumar, P.S. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.
履歴
登録2005年4月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Coat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2612
ポリマ－25,2211
非ポリマー401
水3,117173
1
A: Coat protein
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,515,638120
ポリマ－1,513,23460
非ポリマー2,40560
水1,08160
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Coat protein
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 126 kDa, 5 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,30310
ポリマ－126,1035
非ポリマー2005
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Coat protein
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 152 kDa, 6 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,56412
ポリマ－151,3236
非ポリマー2406
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: Coat protein
ヘテロ分子
x 60


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 1.52 MDa, 60 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,515,638120
ポリマ－1,513,23460
非ポリマー2,40560
水1,08160
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation59
単位格子
Length a, b, c (Å)193.451, 313.506, 321.173
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
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45generate(0.34374523, -0.50724201, -0.79028145), (-0.50724201, -0.80852438, 0.29831841), (-0.79028145, 0.29831841, -0.53522085)105.16779, -35.27382, 201.46124
46generate(-0.49940006, 0.7971966, -0.33923026), (-0.81875907, -0.30625631, 0.48563428), (0.28325459, 0.52027364, 0.80565636)42.99491, -61.0094, 24.42316
47generate(-0.78681119, -0.32769701, -0.52301322), (-0.32769701, -0.49629005, 0.80393461), (-0.52301322, 0.80393461, 0.28310123)69.66519, -102.5179, 92.62987
48generate(0.02213773, -0.99975279, 0.00206736), (-0.02371979, 0.00154206, 0.99971746), (-0.99947351, -0.02218051, -0.02367979)1.97641, -129.3955, 134.84644
49generate(0.80950678, -0.29021251, 0.51036798), (-0.32691361, 0.49925297, 0.80241758), (-0.48767435, -0.81640871, 0.30927424)-66.52785, -104.49828, 92.731
50generate(0.4871787, 0.82036329, 0.29943444), (-0.81827491, 0.30902311, 0.4846967), (0.30509522, -0.4811536, 0.82183217)-41.17702, -62.23334, 24.48566
51generate(-0.01983996, -0.99979709, 0.00348584), (0.02372256, -0.00395629, -0.99971075), (0.99952169, -0.01975152, 0.02379624)1.79235, 133.77944, 128.47109
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54generate(-0.48906092, 0.81756562, -0.30398334), (0.81756562, 0.30820595, -0.48641089), (-0.30398334, -0.48641089, -0.81914503)38.31046, 65.48695, 240.52037
55generate(-0.8088344, -0.29490252, -0.50874298), (0.32577045, 0.49553833, -0.80518034), (0.48955136, -0.81699098, -0.30473792)67.71646, 107.06315, 173.48961
56generate(-0.31024838, 0.49438096, 0.81199348), (0.5028451, 0.81021256, -0.30116841), (-0.80677924, 0.31486993, -0.49996418)-107.87813, 40.02504, 196.78549
57generate(-0.8088344, 0.32577045, 0.48955136), (-0.29490252, 0.49553833, -0.81699098), (-0.50874298, -0.80518034, -0.30473792)-65.03868, 108.65531, 173.52428
58generate(-0.82881865, -0.2910363, 0.47786767), (-0.2910363, -0.50519067, -0.81245324), (0.47786767, -0.81245324, 0.33400932)-62.149, 110.24918, 89.40814
59generate(-0.34258359, -0.50363332, 0.79308888), (0.50910078, -0.80900097, -0.29382618), (0.78959033, 0.30310214, 0.53355057)-103.20252, 42.60397, 60.68272
60generate(-0.02208953, -0.01821876, 0.99958998), (0.99974647, 0.00396293, 0.02216522), (-0.00436513, 0.99982617, 0.0181266)-131.46468, -0.79693, 127.04557

-
要素

#1: タンパク質 Coat protein


分子量: 25220.562 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 32-268 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sesbania mosaic virus (ウイルス) / 属: Sobemovirus / プラスミド: pSBETA / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q9EB06
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 4% PEG 3350, 0.1M MgCl2, Isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年7月14日
放射モノクロメーター: Osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. all: 738540 / Num. obs: 515695 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 293017.75 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 23946 5 %RANDOM
Rwork0.245 ---
obs0.245 482008 91.1 %-
all-515695 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.8316 Å2 / ksol: 0.37639 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 15.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.83 Å20 Å20 Å2
2--7.1 Å20 Å2
3----7.93 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.41 Å0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1462 0 1 173 1636
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.77
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 3729 5 %
Rwork0.311 71579 -
obs--86.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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