[日本語] English
万見
- PDB-1x35: Recombinant T=3 capsid of a site specific mutant of SeMV CP -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1x35
タイトルRecombinant T=3 capsid of a site specific mutant of SeMV CP
要素Coat protein
キーワードVIRUS / T=3 capsids / beta-annulus / Icosahedral virus
機能・相同性Plant viruses icosahedral capsid proteins 'S' region signature. / Icosahedral viral capsid protein, S domain / Viral coat protein (S domain) / Viral coat protein subunit / viral capsid / structural molecule activity / metal ion binding / Capsid protein
機能・相同性情報
生物種Sesbania mosaic virus (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Sangita, V. / Lokesh, G.L. / Satheshkumar, P.S. / Saravanan, V. / Vijay, C.S. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Structural studies on recombinant T = 3 capsids of Sesbania mosaic virus coat protein mutants.
著者: Sangita, V. / Lokesh, G.L. / Satheshkumar, P.S. / Saravanan, V. / Vijay, C.S. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.
履歴
登録2005年4月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,0966
ポリマ－85,9763
非ポリマー1203
水00
1
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,165,768360
ポリマ－5,158,554180
非ポリマー7,214180
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation60
2


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation1
3
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 430 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)430,48130
ポリマ－429,87915
非ポリマー60115
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation5
4
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 517 kDa, 18 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)516,57736
ポリマ－515,85518
非ポリマー72118
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation6
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
ヘテロ分子
x 30


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 2.58 MDa, 90 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,582,884180
ポリマ－2,579,27790
非ポリマー3,60790
水0
タイプ名称対称操作数
transform to crystal frame1
point symmetry operation30
単位格子
Length a, b, c (Å)471.500, 330.095, 351.474
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 131.05, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.30901699, 0.80901699, -0.5), (-0.80901699, 0.5, 0.30901699), (0.5, 0.30901699, 0.80901699)149.27166, 56.43043, -34.87592
3generate(-0.80901699, 0.5, -0.30901699), (-0.5, -0.30901699, 0.80901699), (0.30901699, 0.80901699, 0.5)258.49027, -46.89492, 28.98265
4generate(-0.80901699, -0.5, 0.30901699), (0.5, -0.30901699, 0.80901699), (-0.30901699, 0.80901699, 0.5)176.71943, -167.18392, 103.32534
5generate(0.30901699, -0.80901699, 0.5), (0.80901699, 0.5, 0.30901699), (-0.5, 0.30901699, 0.80901699)16.96366, -138.20127, 85.41308
6generate(-1), (-1), (1)240.57801
7generate(-0.30901699, -0.80901699, 0.5), (0.80901699, -0.5, -0.30901699), (0.5, 0.30901699, 0.80901699)91.30635, -56.43043, -34.87592
8generate(0.80901699, -0.5, 0.30901699), (0.5, 0.30901699, -0.80901699), (0.30901699, 0.80901699, 0.5)-17.91226, 46.89492, 28.98265
9generate(0.80901699, 0.5, -0.30901699), (-0.5, 0.30901699, -0.80901699), (-0.30901699, 0.80901699, 0.5)63.85858, 167.18392, 103.32534
10generate(-0.30901699, 0.80901699, -0.5), (-0.80901699, -0.5, -0.30901699), (-0.5, 0.30901699, 0.80901699)223.61435, 138.20127, 85.41308
11generate(-1), (-1), (1)252.597, 120.289, 132.308
12generate(-0.5, -0.30901699, -0.80901699), (-0.30901699, -0.80901699, 0.5), (-0.80901699, 0.5, 0.30901699)287.47292, -28.98265, 188.73843
13generate(-0.30901699, -0.80901699, -0.5), (0.80901699, -0.5, 0.30901699), (-0.5, -0.30901699, 0.80901699)223.61435, -138.20127, 85.41308
14generate(0.30901699, -0.80901699, -0.5), (0.80901699, 0.5, -0.30901699), (0.5, -0.30901699, 0.80901699)149.27166, -56.43043, -34.87592
15generate(0.5, -0.30901699, -0.80901699), (-0.30901699, 0.80901699, -0.5), (0.80901699, 0.5, 0.30901699)167.18392, 103.32534, -5.89327
16generate(-1), (1), (-1)252.597, -120.289, 132.308
17generate(-0.5, -0.30901699, -0.80901699), (0.30901699, 0.80901699, -0.5), (0.80901699, -0.5, -0.30901699)287.47292, 28.98265, 75.87757
18generate(-0.30901699, -0.80901699, -0.5), (-0.80901699, 0.5, -0.30901699), (0.5, 0.30901699, -0.80901699)223.61435, 138.20127, 179.20291
19generate(0.30901699, -0.80901699, -0.5), (-0.80901699, -0.5, 0.30901699), (-0.5, 0.30901699, -0.80901699)149.27166, 56.43043, 299.49192
20generate(0.5, -0.30901699, -0.80901699), (0.30901699, -0.80901699, 0.5), (-0.80901699, -0.5, -0.30901699)167.18392, -103.32534, 270.50926
21generate(-1), (1), (-1)120.289, -132.308, 252.597
22generate(0.80901699, -0.5, -0.30901699), (0.5, 0.30901699, 0.80901699), (-0.30901699, -0.80901699, 0.5)63.85858, -167.18392, 103.32534
23generate(0.5, 0.30901699, -0.80901699), (0.30901699, 0.80901699, 0.5), (0.80901699, -0.5, 0.30901699)167.18392, -103.32534, -5.89327
24generate(-0.5, 0.30901699, -0.80901699), (-0.30901699, 0.80901699, 0.5), (0.80901699, 0.5, -0.30901699)287.47292, -28.98265, 75.87757
25generate(-0.80901699, -0.5, -0.30901699), (-0.5, 0.30901699, 0.80901699), (-0.30901699, 0.80901699, -0.5)258.49027, -46.89492, 235.63334
26generate(-1), (-1), (1)120.289, 132.308, 12.01899
27generate(0.80901699, -0.5, -0.30901699), (-0.5, -0.30901699, -0.80901699), (0.30901699, 0.80901699, -0.5)63.85858, 167.18392, 161.29065
28generate(0.5, 0.30901699, -0.80901699), (-0.30901699, -0.80901699, -0.5), (-0.80901699, 0.5, -0.30901699)167.18392, 103.32534, 270.50926
29generate(-0.5, 0.30901699, -0.80901699), (0.30901699, -0.80901699, -0.5), (-0.80901699, -0.5, 0.30901699)287.47292, 28.98265, 188.73843
30generate(-0.80901699, -0.5, -0.30901699), (0.5, -0.30901699, -0.80901699), (0.30901699, -0.80901699, 0.5)258.49027, 46.89492, 28.98265

-
要素

#1: タンパク質 Coat protein


分子量: 28658.633 Da / 分子数: 3 / 変異: P53A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sesbania mosaic virus (ウイルス) / 属: Sobemovirus / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9EB06
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 6% PEG 3350, 0.1M MgCl2, Isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年5月30日
放射モノクロメーター: Osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.1→20 Å / Num. all: 352930 / Num. obs: 324695 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 4.1→4.25 Å / % possible all: 74.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.1→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 29326465.94 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 14626 4.9 %RANDOM
Rwork0.268 ---
all0.268 301529 --
obs-297206 94.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.492238 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 44.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.18 Å20 Å27.2 Å2
2---2.66 Å20 Å2
3---4.84 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.55 Å0.55 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.64 Å0.7 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4439 0 3 0 4442
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d3.32
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it11.61.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it17.992
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it25.62
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it33.242.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 4.1→4.35 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 2264 4.9 %
Rwork0.302 44141 -
obs--89 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.paramion.top

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る