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- PDB-1x2t: Crystal Structure of Habu IX-bp at pH 6.5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1x2t
タイトルCrystal Structure of Habu IX-bp at pH 6.5
要素
  • Coagulation factor IX/X-binding protein A chain
  • Coagulation factor IX/factor X-binding protein B chain
キーワードPROTEIN BINDING / HETERODIMER / DOMAIN SWAPPING / C-TYPE LECTIN-LIKE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin activity / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily ...: / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Snaclec coagulation factor IX/factor X-binding protein subunit B / Snaclec coagulation factor IX-binding protein subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Trimeresurus flavoviridis (ハブ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Suzuki, N. / Fujimoto, Z. / Morita, T. / Fukamizu, A. / Mizuno, H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: pH-Dependent Structural Changes at Ca(2+)-binding sites of Coagulation Factor IX-binding Protein
著者: Suzuki, N. / Fujimoto, Z. / Morita, T. / Fukamizu, A. / Mizuno, H.
履歴
登録2005年4月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coagulation factor IX/X-binding protein A chain
B: Coagulation factor IX/factor X-binding protein B chain
C: Coagulation factor IX/X-binding protein A chain
D: Coagulation factor IX/factor X-binding protein B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,85710
ポリマ－58,2214
非ポリマー6376
水10,233568
1
A: Coagulation factor IX/X-binding protein A chain
B: Coagulation factor IX/factor X-binding protein B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4295
ポリマ－29,1102
非ポリマー3183
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4200 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area11980 Å2
手法PISA
2
C: Coagulation factor IX/X-binding protein A chain
D: Coagulation factor IX/factor X-binding protein B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4295
ポリマ－29,1102
非ポリマー3183
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3950 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area12240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.710, 63.509, 66.902
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Coagulation factor IX/X-binding protein A chain


分子量: 14655.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trimeresurus flavoviridis (ハブ) / Secretion: Venom / 参照: UniProt: Q7LZ71
#2: タンパク質 Coagulation factor IX/factor X-binding protein B chain / IX/X-BP


分子量: 14455.071 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trimeresurus flavoviridis (ハブ) / Secretion: Venom / 参照: UniProt: P23807
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 568 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 1000, PEG 8000, calcium chloride, MES, pH 6.5, MICROBATCH, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年8月17日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: COLLIMATION / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→54.1 Å / Num. all: 48268 / Num. obs: 47809 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 17.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 1.72→1.78 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.173 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 4797 / % possible all: 92.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BJ3

1bj3


解像度: 1.72→33.26 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1224138.88 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 2383 5 %RANDOM
Rwork0.191 ---
all-48267 --
obs-47807 99 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.0938 Å2 / ksol: 0.347911 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 17.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20.26 Å2
2--3.74 Å20 Å2
3----3.7 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→33.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4100 0 30 568 4698
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.69
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.822
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.992
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.92.5
LS精密化 シェル解像度: 1.72→1.83 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 393 5.1 %
Rwork0.308 7269 -
obs-7269 95.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2pg4.parampg4.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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