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- PDB-1x0r: Thioredoxin Peroxidase from Aeropyrum pernix K1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1x0r
タイトルThioredoxin Peroxidase from Aeropyrum pernix K1
要素Probable peroxiredoxin
キーワードOXIDOREDUCTASE / Thioredoxin Fold / peroxiredoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


thioredoxin-dependent peroxiredoxin / peroxiredoxin activity / thioredoxin peroxidase activity / antioxidant activity / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / cellular response to hydrogen peroxide / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2 / Antioxidant, Horf6; Chain A, domain2 / Peroxiredoxin, TDXH subfamily / 1-Cys peroxiredoxin / : / Peroxiredoxin, AhpC-type / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family ...Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2 / Antioxidant, Horf6; Chain A, domain2 / Peroxiredoxin, TDXH subfamily / 1-Cys peroxiredoxin / : / Peroxiredoxin, AhpC-type / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Aeropyrum pernix (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Nakamura, T. / Yamamoto, T. / Inoue, T. / Matsumura, H. / Kobayashi, A. / Hagihara, Y. / Uegaki, K. / Ataka, M. / Kai, Y. / Ishikawa, K.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of thioredoxin peroxidase from aerobic hyperthermophilic archaeon Aeropyrum pernix K1
著者: Nakamura, T. / Yamamoto, T. / Inoue, T. / Matsumura, H. / Kobayashi, A. / Hagihara, Y. / Uegaki, K. / Ataka, M. / Kai, Y. / Ishikawa, K.
履歴
登録2005年3月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable peroxiredoxin
B: Probable peroxiredoxin
C: Probable peroxiredoxin
D: Probable peroxiredoxin
E: Probable peroxiredoxin
F: Probable peroxiredoxin
G: Probable peroxiredoxin
H: Probable peroxiredoxin
I: Probable peroxiredoxin
J: Probable peroxiredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)295,788138
ポリマ－287,84310
非ポリマー7,945128
水21,4201189
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
G: Probable peroxiredoxin
H: Probable peroxiredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,68620
ポリマ－57,5692
非ポリマー1,11718
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11290 Å2
ΔGint11 kcal/mol
Surface area18780 Å2
手法PISA
3
E: Probable peroxiredoxin
F: Probable peroxiredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,36931
ポリマ－57,5692
非ポリマー1,80029
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11830 Å2
ΔGint22 kcal/mol
Surface area18320 Å2
手法PISA
4
I: Probable peroxiredoxin
J: Probable peroxiredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,24529
ポリマ－57,5692
非ポリマー1,67627
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11650 Å2
ΔGint20 kcal/mol
Surface area19030 Å2
手法PISA
5
C: Probable peroxiredoxin
D: Probable peroxiredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,18228
ポリマ－57,5692
非ポリマー1,61426
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11210 Å2
ΔGint11 kcal/mol
Surface area18690 Å2
手法PISA
6
A: Probable peroxiredoxin
B: Probable peroxiredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,30730
ポリマ－57,5692
非ポリマー1,73828
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11120 Å2
ΔGint18 kcal/mol
Surface area18990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.633, 101.792, 102.886
Angle α, β, γ (deg.)105.37, 105.28, 93.32
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Probable peroxiredoxin / Thioredoxin Peroxidase


分子量: 28784.340 Da / 分子数: 10 / 変異: C207S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aeropyrum pernix (古細菌) / 株: K1 / 遺伝子: APE2278 / プラスミド: pET11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y9L0, peroxiredoxin
#2: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: imidazole-HCl, sodium acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 0.984 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月28日 / 詳細: Bending Magnet
放射モノクロメーター: Bending Magnet / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 569297 / Num. obs: 191063 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.98 % / Biso Wilson estimate: 9.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.188 / % possible all: 86.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→29.89 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 440565.9 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.171 9167 4.7 %RANDOM
Rwork0.164 ---
obs0.164 173623 89.9 %-
all-182790 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.8912 Å2 / ksol: 0.371886 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 21.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.94 Å2-1.96 Å21.95 Å2
2---2.92 Å2-0.54 Å2
3---3.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19730 0 512 1189 21431
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0461.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg3.42
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.22
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.312.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222 1396 4.5 %
Rwork0.206 47617 -
obs-28398 89.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5tpx.paramtpx.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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