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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1x0i | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Acid Blue Form of Bacteriorhodopsin | ||||||
要素 | Bacteriorhodopsin | ||||||
キーワード | PROTON TRANSPORT / 7 transmembrane helices / membrane protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 light-driven active monoatomic ion transmembrane transporter activity / photoreceptor activity / phototransduction / proton transmembrane transport / monoatomic ion channel activity / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Halobacterium salinarum (好塩性) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Okumura, H. / Murakami, M. / Kouyama, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005 タイトル: Crystal Structures of Acid Blue and Alkaline Purple Forms of Bacteriorhodopsin 著者: Okumura, H. / Murakami, M. / Kouyama, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1x0i.cif.gz | 102.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1x0i.ent.gz | 77.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1x0i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/1x0i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/1x0i | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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モデル数 | 2 |
-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 1
#1: タンパク質 | 分子量: 26814.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Halobacterium salinarum (好塩性) / 株: JW3 / 参照: UniProt: P02945 |
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-非ポリマー , 5種, 31分子
#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-RET / | ||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-L2P / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 2 詳細: ammonium sulfate, pH 2.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月28日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→54.52 Å / Num. all: 15620 / Num. obs: 15527 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 45 Å2 / Limit h max: 38 / Limit h min: 0 / Limit k max: 22 / Limit k min: 0 / Limit l max: 47 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 2176769.36 / Observed criterion F min: 20.1 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 6.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 2216 / Rsym value: 0.5 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1iw6 解像度: 2.3→14.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / Isotropic thermal model: overall / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 84.2683 Å2 / ksol: 0.413201 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 158.02 Å2 / Biso mean: 43.54 Å2 / Biso min: 15.84 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→14.91 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5
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