PDB-1x0g: Crystal Structure of IscA with the [2Fe-2S] cluster

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1x0g

タイトル

Crystal Structure of IscA with the [2Fe-2S] cluster

要素

IscA

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / [2Fe-2S] / biosynthesis / cyanobacteria / domain swapping / Fe-S cluster / iron / iron-sulfur cluster protein / Isc / IscA / scaffold / sulfur / tetrameric / three conserved Cys

機能・相同性

機能・相同性情報

: / iron-sulfur cluster assembly / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Morimoto, K. / Yamashita, E. / Kondou, Y. / Lee, S.J. / Tsukihara, T. / Nakai, M.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: The Asymmetric IscA Homodimer with an Exposed [2Fe-2S] Cluster Suggests the Structural Basis of the Fe-S Cluster Biosynthetic Scaffold.
著者: Morimoto, K. / Yamashita, E. / Kondou, Y. / Lee, S.J. / Arisaka, F. / Tsukihara, T. / Nakai, M.

履歴

登録	2005年3月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年6月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1x0g.cif.gz	95.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1x0g.ent.gz	74.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1x0g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/1x0g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/1x0g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3g89-d 1n2z-4 1zt9-d 5h0b-d 1sza-d 4i1o-4 2ffh-2 2src-d 4fx5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (1) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (1) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#117 - 2009年9月
キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase)
類似性 (1)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (1)
#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (1)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#36 - 2002年12月
シトクロムc (Cytochrome c)
類似性 (1)
#82 - 2006年10月
シトクロムp450 (Cytochrome p450)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: IscA

B: IscA

C: IscA

D: IscA

ヘテロ分子

49.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.472, 102.788, 137.032
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-120- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	VAL	VAL	GLU	GLU	4	A	A	2 - 11	2 - 11
2	1	VAL	VAL	GLU	GLU	4	C	C	2 - 11	2 - 11
1	2	ILE	ILE	VAL	VAL	5	A	A	27 - 47	27 - 47
2	2	ILE	ILE	VAL	VAL	5	C	C	27 - 47	27 - 47
1	3	GLY	GLY	ILE	ILE	1	A	A	76 - 82	76 - 82
2	3	GLY	GLY	ILE	ILE	1	C	C	76 - 82	76 - 82
1	4	ALA	ALA	ARG	ARG	1	A	A	89 - 111	89 - 111
2	4	ALA	ALA	ARG	ARG	1	C	C	89 - 111	89 - 111
1	5	VAL	VAL	LEU	LEU	4	B	B	2 - 15	2 - 15
2	5	VAL	VAL	LEU	LEU	4	D	D	2 - 15	2 - 15
1	6	ALA	ALA	SER	SER	4	B	B	26 - 35	26 - 35
2	6	ALA	ALA	SER	SER	4	D	D	26 - 35	26 - 35
1	7	ASP	ASP	ALA	ALA	1	B	B	39 - 67	39 - 67
2	7	ASP	ASP	ALA	ALA	1	D	D	39 - 67	39 - 67
1	8	GLN	GLN	CYS	CYS	4	B	B	99 - 103	99 - 103
2	8	GLN	GLN	CYS	CYS	4	D	D	99 - 103	99 - 103
1	9	ALA	ALA	ALA	ALA	1	A	A	48 - 68	48 - 68
2	9	ALA	ALA	ALA	ALA	1	C	C	48 - 68	48 - 68

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9

#1: タンパク質	IscA / hypothetical protein tll0464 分子量: 12368.081 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 遺伝子: tll0464 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21(DE3)RIL / 参照: UniProt: Q8DLM0
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER 分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₂S₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.6 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 2.5M NaCl, 0.1M Potassium phosphate pH6.2, 5MM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SPring-8	BL44XU	1	0.9
シンクロトロン	SPring-8	BL44XU	2	0.9

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
Bruker DIP-6040	1	CCD	2004年7月7日
DIP6040	2	IMAGE PLATE	2004年9月23日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	MAD	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

波長: 0.9 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→80 Å / Num. obs: 19261 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 12.5 % / B_iso Wilson estimate: 59.41 Å² / R_sym value: 0.071 / Net I/σ(I): 39.4

反射シェル

解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / R_sym value: 0.311 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.5→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 19.559 / SU ML: 0.224 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.436 / ESU R Free: 0.266 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2415	932	4.9 %	RANDOM
R_work	0.20107	-	-	-
obs	0.20302	18065	98.39 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 69.352 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.69 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.48 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3302	0	10	36	3348

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.028	0.022	3370
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.503	1.965	4567
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.983	5	421
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.483	23.522	159
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.192	15	559
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.6	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.14	0.2	512
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2580
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.276	0.2	1556
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.34	0.2	2297
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	137
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.183	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.26	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.25	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.141	1.5	2121
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.171	2	3385
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.42	3	1289
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.633	4.5	1178
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
3	A	58	tight positional	0.1	0.05
4	A	178	tight positional	0.16	0.05
7	B	231	tight positional	0.1	0.05
9	A	155	tight positional	0.05	0.05
1	A	74	medium positional	0.38	0.5
2	A	84	medium positional	0.12	0.5
5	B	110	medium positional	0.34	0.5
6	B	78	medium positional	0.27	0.5
8	B	32	medium positional	0.38	0.5
2	A	89	loose positional	0.3	5
3	A	58	tight thermal	0.16	0.5
4	A	178	tight thermal	0.41	0.5
7	B	231	tight thermal	0.33	0.5
9	A	155	tight thermal	0.31	0.5
1	A	74	medium thermal	0.52	2
2	A	84	medium thermal	1.48	2
5	B	110	medium thermal	1.03	2
6	B	78	medium thermal	1.65	2
8	B	32	medium thermal	3.05	2
2	A	89	loose thermal	3.06	10

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.33	71	-
R_work	0.281	1272	-
obs	-	-	95.86 %

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