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万見
- PDB-1wzx: Crystal Structure of Family 30 Carbohydrate Binding Module. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wzx
タイトルCrystal Structure of Family 30 Carbohydrate Binding Module.
要素COG3291: FOG: PKD repeat
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / CBM30 / Carbohydrate Binding Module Family30 / CelJ
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase activity / cellulose catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Carbohydrate binding domain 30 / Glycoside hydrolase, family 44 / Glycoside hydrolase family 44 / Cellulase N-terminal ig-like domain / Cellulase, Ig-like domain / Galactose-binding lectin / PKD domain / Glycoside hydrolase family 9 / Glycosyl hydrolase family 9 ...: / Carbohydrate binding domain 30 / Glycoside hydrolase, family 44 / Glycoside hydrolase family 44 / Cellulase N-terminal ig-like domain / Cellulase, Ig-like domain / Galactose-binding lectin / PKD domain / Glycoside hydrolase family 9 / Glycosyl hydrolase family 9 / Polycystic kidney disease (PKD) domain profile. / PKD domain / PKD domain superfamily / PKD/Chitinase domain / Repeats in polycystic kidney disease 1 (PKD1) and other proteins / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Glycosyl hydrolase, all-beta / Galactose-binding-like domain superfamily / Immunoglobulin E-set / Glycoside hydrolase superfamily / Jelly Rolls / Immunoglobulin-like fold / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Glycoside hydrolase family 9
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium thermocellum (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.52 Å
データ登録者Horiguchi, Y. / Kono, M. / Suzuki, A. / Yamane, T. / Arai, M. / Sakka, K. / Omiya, K.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Family 30 Carbohydrate Binding Module
著者: Horiguchi, Y. / Kono, M. / Suzuki, A. / Yamane, T. / Arai, M. / Sakka, K. / Omiya, K.
履歴
登録2005年3月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COG3291: FOG: PKD repeat
B: COG3291: FOG: PKD repeat
C: COG3291: FOG: PKD repeat
D: COG3291: FOG: PKD repeat


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,5364
ポリマ－92,5364
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)121.106, 121.106, 122.162
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 8 - 180 / Label seq-ID: 8 - 180

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

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要素

#1: タンパク質
COG3291: FOG: PKD repeat / family 30 carbohydrate binding module


分子量: 23134.041 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 1-205 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium thermocellum (バクテリア)
株: ATCC 27405 / プラスミド: pCBM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 48859367, UniProt: A3DD30*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.79
詳細: 0.1M MES, 1.2M Ammonium Sulfate, 10% Dioxane, pH 5.79, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→104.83 Å / Num. obs: 14792 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.147
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / Rmerge(I) obs: 0.405 / Mean I/σ(I) obs: 13 / % possible all: 83.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1WMX

1wmx


解像度: 3.52→20.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.876 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.797 / SU B: 39.606 / SU ML: 0.609 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.726 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29436 623 4.9 %RANDOM
Rwork0.20599 ---
all0.21043 ---
obs0.21043 12026 96.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.654 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.64 Å2-0.32 Å20 Å2
2---0.64 Å20 Å2
3---0.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.52→20.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5564 0 0 0 5564
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0370.0225700
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.1151.9427776
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg12.7255691
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.52824.496258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg27.38715936
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.4031525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2060.2891
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024285
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3520.23394
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3720.23955
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2830.2284
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.310.283
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1440.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0921.53540
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.95125628
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.00232598
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1044.52148
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 692 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Atight positional0.150.05
2Btight positional0.130.05
3Ctight positional0.130.05
4Dtight positional0.130.05
1Amedium positional0.890.5
2Bmedium positional0.720.5
3Cmedium positional0.880.5
4Dmedium positional0.80.5
1Atight thermal0.190.5
2Btight thermal0.170.5
3Ctight thermal0.180.5
4Dtight thermal0.20.5
1Amedium thermal1.212
2Bmedium thermal1.092
3Cmedium thermal1.212
4Dmedium thermal1.362
LS精密化 シェル解像度: 3.522→3.611 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.398 52 -
Rwork0.3 700 -
obs--80.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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