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万見
- PDB-1wzc: Crystal structure of Pyrococcus horikoshii mannosyl-3-phosphoglyc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wzc
タイトルCrystal structure of Pyrococcus horikoshii mannosyl-3-phosphoglycerate phosphatase complexed with MG2+ and phosphate
要素Mannosyl-3-phosphoglycerate phosphatase
キーワードHYDROLASE / haloacid dehalogenase like hydrolase / phosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


mannosyl-3-phosphoglycerate phosphatase / mannosyl-3-phosphoglycerate phosphatase activity / mannosylglycerate biosynthetic process / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mannosyl-3-phosphoglycerate phosphatase / Mannosyl-3-phosphoglycerate phosphatase, thermophiles / Putative mannosyl-3-phosphoglycerate phosphatase; domain 2 / HAD-superfamily hydrolase, superfamily IIB, MPGP / Threonyl-tRNA Synthetase; Chain A, domain 2 / HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIB / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily ...Mannosyl-3-phosphoglycerate phosphatase / Mannosyl-3-phosphoglycerate phosphatase, thermophiles / Putative mannosyl-3-phosphoglycerate phosphatase; domain 2 / HAD-superfamily hydrolase, superfamily IIB, MPGP / Threonyl-tRNA Synthetase; Chain A, domain 2 / HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIB / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Mannosyl-3-phosphoglycerate phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kawamura, T. / Watanabe, N. / Tanaka, I.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008
タイトル: Structure of mannosyl-3-phosphoglycerate phosphatase from Pyrococcus horikoshii.
著者: Kawamura, T. / Watanabe, N. / Tanaka, I.
履歴
登録2005年3月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32013年3月6日Group: Other
改定 1.42021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mannosyl-3-phosphoglycerate phosphatase
B: Mannosyl-3-phosphoglycerate phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9416
ポリマ－57,7022
非ポリマー2394
水1,838102
1
A: Mannosyl-3-phosphoglycerate phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9703
ポリマ－28,8511
非ポリマー1192
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mannosyl-3-phosphoglycerate phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9703
ポリマ－28,8511
非ポリマー1192
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.833, 70.691, 67.911
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.15, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Mannosyl-3-phosphoglycerate phosphatase / MPGP


分子量: 28851.035 Da / 分子数: 2 / 変異: A218V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 遺伝子: PH0926 / プラスミド: pET-26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O58690, mannosyl-3-phosphoglycerate phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 3350, ammonium chloride, tris(hydroxymethyl)aminomethane, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory BL-5A10.9640, 0.9791, 0.9793
シンクロトロンPhoton Factory BL-6A21
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 3151CCD2004年3月20日mirrors
ADSC QUANTUM 42CCD2004年11月6日mirror
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111MADMx-ray1
2Si 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9641
20.97911
30.97931
411
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 44446 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 28.7 Å2 / Rsym value: 0.047
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 4.06 / Num. unique all: 4421 / Rsym value: 0.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
SHARP位相決定
RESOLVEモデル構築
CNS精密化
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→50 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2527 2227 -random
Rwork0.2193 ---
all-44282 --
obs-44238 94.9 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.166 Å20 Å26.9 Å2
2--8.795 Å20 Å2
3----2.629 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3896 0 12 102 4010
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009204
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4943
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.31802
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89783
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.97 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3125 203 -
Rwork0.3734 --
obs-4398 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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