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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1wz7 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of enhancer of rudimentary homologue (ERH) | ||||||
要素 | Enhancer of rudimentary homolog | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION / alpha/beta / Structural Genomics / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 methylosome / methyl-CpG binding / osteoblast differentiation / cell cycle / membrane / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Arai, R. / Kukimoto-Niino, M. / Uda-Tochio, H. / Morita, S. / Uchikubo-Kamo, T. / Kigawa, T. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2005 タイトル: Crystal structure of an enhancer of rudimentary homolog (ERH) at 2.1 Angstroms resolution. 著者: Arai, R. / Kukimoto-Niino, M. / Uda-Tochio, H. / Morita, S. / Uchikubo-Kamo, T. / Akasaka, R. / Etou, Y. / Hayashizaki, Y. / Kigawa, T. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1wz7.cif.gz | 71 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1wz7.ent.gz | 58.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1wz7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1wz7_validation.pdf.gz | 446.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1wz7_full_validation.pdf.gz | 458.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1wz7_validation.xml.gz | 14.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1wz7_validation.cif.gz | 19.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/1wz7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/1wz7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13035.061 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: Cell-free protein expression system / プラスミド: pCR2.1 / 参照: UniProt: P84089 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.36 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1M Bis-Tris, 22% PEG 3350, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 0.97904, 0.97939, 0.96000 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月28日 | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 19595 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 15 Å2 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 9.5 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique all: 1930 / Rsym value: 0.279 / % possible all: 99.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→24.73 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1284371.11 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.86 Å2 / ksol: 0.362602 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→24.73 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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