PDB-1wyj: Solution structure of mouse protocadherin beta 14 (26-137)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1wyj

タイトル

Solution structure of mouse protocadherin beta 14 (26-137)

要素

protocadherin beta 14

キーワード

CELL ADHESION / protocadherin beta / SS bond / structural genomics / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses

機能・相同性

機能・相同性情報

homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / cell adhesion / calcium ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics, restrained molecular dynamics

データ登録者

Tomizawa, T. / Kigawa, T. / Saito, K. / Koshiba, S. / Inoue, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of mouse protocadherin beta 14 (26-137)
著者: Tomizawa, T. / Kigawa, T. / Saito, K. / Koshiba, S. / Inoue, M. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2005年2月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年8月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1wyj.cif.gz	729.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1wyj.ent.gz	611.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1wyj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1wyj_validation.pdf.gz	346.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1wyj_full_validation.pdf.gz	512.1 KB	表示
XML形式データ	1wyj_validation.xml.gz	59.5 KB	表示
CIF形式データ	1wyj_validation.cif.gz	74.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/1wyj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/1wyj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1cl8-d 3epu-d 2oxv-d 1qri-d 4m1a-d 4o9i-d 6dz1-d 1rmd-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: mmt007113694.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (7)

登録構造単位

A: protocadherin beta 14

13.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function, structures with the lowest energy, structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	protocadherin beta 14 分子量: 13395.982 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-125 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: Cell-free protein synthesis / 遺伝子: RIKEN cDNA 2210006M07 / プラスミド: P031215-82 / 参照: UniProt: Q6PB90
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 0.96mM protocadherin beta 14 (26-137) U-15N,13C; 20mM d-Tris-HCl; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 120mM / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	2.6	Bruker	collection
NMRPipe	20030801	Delaglio, F.	解析
NMRView	5.0.4	Johnson, B.A.	データ解析
KUJIRA	0.9295	Kobayashi, N.	データ解析
CYANA	1.0.8	Guentert, P.	構造決定
CYANA	1.0.8	Guentert, P.	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics, restrained molecular dynamics
ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function, structures with the lowest energy, structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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