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万見
- PDB-6dz1: Studies of Ion Transport in K+ Channels -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dz1
タイトルStudies of Ion Transport in K+ Channels
要素Potassium channel protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / K ion transport channel
機能・相同性Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / membrane => GO:0016020 / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / : / Potassium channel protein
機能・相同性情報
生物種Bacillus cereus BDRD-Cer4 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Langan, P.S. / Vandavasi, V.G. / Weiss, K.L. / Wagner, A. / Duman, R. / El Omari, K. / Afonine, P.V. / Coates, L.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Anomalous X-ray diffraction studies of ion transport in K+channels.
著者: Langan, P.S. / Vandavasi, V.G. / Weiss, K.L. / Afonine, P.V. / El Omari, K. / Duman, R. / Wagner, A. / Coates, L.
履歴
登録2018年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Potassium channel protein
B: Potassium channel protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,88415
ポリマ－21,1392
非ポリマー74613
水46826
1
A: Potassium channel protein
ヘテロ分子

A: Potassium channel protein
ヘテロ分子

A: Potassium channel protein
ヘテロ分子

A: Potassium channel protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,84928
ポリマ－42,2784
非ポリマー1,57124
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area9710 Å2
ΔGint-164 kcal/mol
Surface area18050 Å2
手法PISA
2
B: Potassium channel protein
ヘテロ分子

B: Potassium channel protein
ヘテロ分子

B: Potassium channel protein
ヘテロ分子

B: Potassium channel protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,68932
ポリマ－42,2784
非ポリマー1,41128
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area9570 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area17830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.070, 68.070, 89.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

K

21A-202-

K

31A-203-

K

41A-204-

K

51B-201-

K

61B-202-

K

71B-203-

K

81B-204-

K

91A-312-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Potassium channel protein


分子量: 10569.399 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus cereus BDRD-Cer4 (バクテリア)
遺伝子: bcere0015_5640 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C2SWC7
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: Prepared by mixing equal volumes of protein solution in buffer (20mM Tris:HCl pH 7.8, 100mM KCl, and 4mM Anagrade DM) with well solution (72.5%MPD, 100mM KCl, and 100mM MES pH 6)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I23 / 波長: 3.35 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 3.35 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→54.15 Å / Num. obs: 18417 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 8.2 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rpim(I) all: 0.019 / Net I/σ(I): 33.4
反射 シェル解像度: 2.26→2.33 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / Mean I/σ(I) obs: 10.7 / CC1/2: 0.987 / Rpim(I) all: 0.082 / % possible all: 93.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.26→54.154 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.58 / 位相誤差: 21.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2112 920 5 %
Rwork0.1782 --
obs0.1799 18417 98.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→54.154 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1482 0 34 26 1542
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0141538
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0872096
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.278528
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076261
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007248
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2602-2.37940.22911050.17282412X-RAY DIFFRACTION95
2.3794-2.52840.23161520.16822442X-RAY DIFFRACTION96
2.5284-2.72360.15781270.14732485X-RAY DIFFRACTION97
2.7236-2.99770.19721270.16442503X-RAY DIFFRACTION99
2.9977-3.43140.23261160.17012575X-RAY DIFFRACTION100
3.4314-4.3230.18861290.17442554X-RAY DIFFRACTION100
4.323-54.1690.22881640.20152526X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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