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- PDB-1wu3: Crystal structure of recombinant murine interferon beta -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wu3
タイトルCrystal structure of recombinant murine interferon beta
要素Interferon beta
キーワードCYTOKINE / alpha-helix-bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of Lewy body formation / Regulation of IFNA/IFNB signaling / type I interferon receptor binding / Interferon alpha/beta signaling / cellular response to dsRNA / type I interferon-mediated signaling pathway / response to exogenous dsRNA / negative regulation of osteoclast differentiation / humoral immune response / B cell proliferation ...negative regulation of Lewy body formation / Regulation of IFNA/IFNB signaling / type I interferon receptor binding / Interferon alpha/beta signaling / cellular response to dsRNA / type I interferon-mediated signaling pathway / response to exogenous dsRNA / negative regulation of osteoclast differentiation / humoral immune response / B cell proliferation / positive regulation of autophagy / cellular response to dexamethasone stimulus / cytokine activity / cellular response to virus / neuron cellular homeostasis / defense response to virus / adaptive immune response / defense response to bacterium / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Interferon alpha, beta and delta family signature. / Interferon alpha, beta and delta. / Interferon alpha/beta/delta / Interferon alpha/beta domain / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Senda, T. / Saitoh, S. / Mitsui, Y.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: Refined crystal structure of recombinant murine interferon-beta at 2.15 A resolution
著者: Senda, T. / Saitoh, S. / Mitsui, Y.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1992
タイトル: Three-dimensional crystal structure of recombinant murine interferon-beta
著者: Senda, T. / Shimazu, T. / Matsuda, S. / Kawano, G. / Shimizu, H. / Nakamura, K.T. / Mitsui, Y.
#2: ジャーナル: Proc.Jpn.Acad.,Ser.B / 年: 1990
タイトル: Three-dimensional structure of recombinant murine interferon-beta
著者: Senda, T. / Matsuda, S. / Kurihara, H. / Nakamura, K.T. / Kawano, G. / Shimizu, H. / Mizuno, H. / Mitsui, Y.
#3: ジャーナル: Pharmacol.Ther. / 年: 1993
タイトル: Structural, functional and evolutionary implications of the three-dimensional crystal structure of murine interferon-beta
著者: Mitsui, Y. / Senda, T. / Shimazu, T. / Matsuda, S. / Utsumi, J.
履歴
登録2004年12月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2004年12月14日ID: 1RMI
改定 1.02004年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Advisory / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
改定 1.42024年3月13日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: Interferon beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7611
ポリマ－19,7611
非ポリマー00
水86548
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.400, 71.400, 79.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Interferon beta / IFN-beta


分子量: 19760.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01575
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: Ammonium Sulfate, dioxane, acetate buffer, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1.04 Å
検出器タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1993年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.04 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→10 Å / Num. all: 22157 / Num. obs: 14666 / % possible obs: 66.2 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.18 % / Rmerge(I) obs: 0.048
反射 シェル解像度: 1.8→1.88 Å / % possible all: 12.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
WEISデータ削減
SCALEデータスケーリング
タンパク質SYSTEM (PROF. Y. MITSUI)位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.15→7.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 6.918 / SU ML: 0.169 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.233 / ESU R Free: 0.203 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24731 1182 10.1 %RANDOM
Rwork0.19162 ---
all0.1973 10525 --
obs0.1973 10525 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.011 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.25 Å20.12 Å20 Å2
2--0.25 Å20 Å2
3----0.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→7.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1394 0 0 48 1442
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0221412
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3751.941899
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.1815159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.76323.55376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.05415283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.31513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2208
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021044
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.2671
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3160.2995
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1080.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2170.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0810.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8481.5819
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.42521300
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1453680
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.844.5599
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.202 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 81 -
Rwork0.345 604 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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