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- PDB-1wtp: Hyperthermophile chromosomal protein SAC7D single mutant M29F in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wtp
タイトルHyperthermophile chromosomal protein SAC7D single mutant M29F in complex with DNA GCGA(UBr)CGC
要素
  • 5'-D(*GP*CP*GP*AP*(BRU)P*CP*GP*C)-3'
  • DNA-binding proteins 7a/7b/7d
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / COMPLEX CHROMATIN PROTEIN-DNA / MINOR-GROOVE DNA BINDING / ARCHEA / KINKED-DNA / INTERCALATION / Sac7d mutant / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA endonuclease activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA-binding 7kDa protein / 7kD DNA-binding domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Chromo-like domain superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA-binding protein 7d
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Chen, C.-Y. / Ko, T.-P. / Lin, T.-W. / Chou, C.-C. / Chen, C.-J. / Wang, A.H.-J.
引用ジャーナル: NUCLEIC ACIDS RES. / 年: 2005
タイトル: Probing the DNA kink structure induced by the hyperthermophilic chromosomal protein Sac7d
著者: Chen, C.-Y. / Ko, T.-P. / Lin, T.-W. / Chou, C.-C. / Chen, C.-J. / Wang, A.H.-J.
履歴
登録2004年11月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*(BRU)P*CP*GP*C)-3'
D: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*(BRU)P*CP*GP*C)-3'
E: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*(BRU)P*CP*GP*C)-3'
F: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*(BRU)P*CP*GP*C)-3'
A: DNA-binding proteins 7a/7b/7d
B: DNA-binding proteins 7a/7b/7d


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2566
ポリマ－25,2566
非ポリマー00
水2,810156
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.217, 47.889, 52.494
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.67, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: DNA鎖
5'-D(*GP*CP*GP*AP*(BRU)P*CP*GP*C)-3'


分子量: 2492.475 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 DNA-binding proteins 7a/7b/7d / 7 KD HYPERTHERMOPHILE DNA-BINDING PROTEIN / 7 kDa DNA-binding proteins a/b/d / Sac7d


分子量: 7642.892 Da / 分子数: 2 / Mutation: M29F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
プラスミド: pET3B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P13123
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 400, Tris buffer, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 40011
2Tris buffer11
3PEG 40012
4Tris buffer12

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データ収集

回折平均測定温度: 150 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-002 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年9月16日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40 Å / Num. all: 15060 / Num. obs: 14849 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 26.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.269 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 1494 / % possible all: 93.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AZP

1azp


解像度: 1.9→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2872 1434 -RANDOM
Rwork0.2216 ---
all0.228 14754 --
obs0.228 14194 96.2 %-
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1027 644 0 156 1827
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.66
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.044
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3703 118 -
Rwork0.3268 --
obs--84.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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