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万見
- PDB-1wrp: FLEXIBILITY OF THE DNA-BINDING DOMAINS OF TRP REPRESSOR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wrp
タイトルFLEXIBILITY OF THE DNA-BINDING DOMAINS OF TRP REPRESSOR
要素TRP REPRESSOR
キーワードDNA BINDING REGULATORY PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TrpR-like / Trp repressor, bacterial / Trp repressor / TrpR-like superfamily / Trp repressor protein / Trp repressor/replication initiator / Trp Operon Repressor; Chain A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
TRYPTOPHAN / Trp operon repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Schewitz, R.W. / Otwinowski, Z. / Lawson, C.L. / Joachimiak, A. / Sigler, P.B.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 1988
タイトル: Flexibility of the DNA-binding domains of trp repressor.
著者: Lawson, C.L. / Zhang, R.G. / Schevitz, R.W. / Otwinowski, Z. / Joachimiak, A. / Sigler, P.B.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1987
タイトル: The Crystal Structure of Trp Aporepressor at 1.8 Angstroms Shows How Binding Tryptophan Enhances DNA Affinity
著者: Zhang, R.-G. / Joachimiak, A. / Lawson, C.L. / Schevitz, R.W. / Otwinowski, Z. / Sigler, P.B.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1985
タイトル: The Three-Dimensional Structure of Trp Repressor
著者: Schevitz, R.W. / Otwinowski, Z. / Joachimiak, A. / Lawson, C.L. / Sigler, P.B.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1983
タイトル: Functional Inferences from Crystals of Escherichia Coli Trp Repressor
著者: Joachimiak, A. / Schevitz, R.W. / Kelley, R.L. / Yanofsky, C. / Sigler, P.B.
#4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1983
タイトル: Purification and Characterization of Trp Repressor
著者: Joachimiak, A. / Kelley, R.L. / Gunsalus, R.P. / Yanofsky, C. / Sigler, P.B.
#5: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1980
タイトル: Nucleotide Sequence and Expression of Escherichia Coli Trpr, the Structural Gene for the Trp Aporepressor
著者: Gunsalus, R.P. / Yanofsky, C.
履歴
登録1987年12月1日処理サイト: BNL
改定 1.01988年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32020年5月13日Group: Other / Structure summary / カテゴリ: audit_author / pdbx_database_status
Item: _audit_author.name / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: TRP REPRESSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4432
ポリマ－12,2391
非ポリマー2041
水1,06359
1
R: TRP REPRESSOR
ヘテロ分子

R: TRP REPRESSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8864
ポリマ－24,4782
非ポリマー4082
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area4570 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area11640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.600, 50.600, 73.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細THE REPRESSOR MOLECULE CONSISTS OF A DIMER RELATED BY A CRYSTALLOGRAPHIC TRANSFORMATION. COORDINATES FOR THE SYMMETRY RELATED CHAIN CAN BE GENERATED FROM THE CHAIN PRESENTED IN THIS ENTRY BY 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -1.0 24.53333

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要素

#1: タンパク質 TRP REPRESSOR


分子量: 12238.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A881
#2: 化合物 ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.63 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Joachimiak, A., (1983) J.Biol.Chem., 258, 12641.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
12 mMprotein1drop
21.9 Mammonium sulfate1reservior
350 mM1reserviorNaKPO4

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解析

ソフトウェア名称: PROFFT / 分類: 精密化
精密化Rfactor obs: 0.204 / 最高解像度: 2.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数814 0 15 59 888
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.8
拘束条件
*PLUS
タイプ: p_bond_d / Dev ideal target: 0.02

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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