PDB-1wqb: Three-dimensional Solution Strucutre of Aptotoxin VII, from the v...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1wqb

タイトル

Three-dimensional Solution Strucutre of Aptotoxin VII, from the venom of a Trap-door Spider

要素

Aptotoxin VII

キーワード

TOXIN / spider's venom / cystein framework / cystine knot motif

機能・相同性

toxin activity / extracellular region / U3-cyrtautoxin-As1a

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / distance geometry simulated annealing, molecular dynamics

データ登録者

Kobayashi, K. / Kim, J.-I. / Sato, K. / Kohno, T.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Three-dimensional Solution Structure of Aptotoxin VII, from the Venom of a Trap-door Spider
著者: Kobayashi, K. / Kim, J.-I. / Sato, K. / Kohno, T.

履歴

登録	2004年9月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1wqb.cif.gz	165.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1wqb.ent.gz	136.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1wqb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1wqb_validation.pdf.gz	340.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1wqb_full_validation.pdf.gz	464.6 KB	表示
XML形式データ	1wqb_validation.xml.gz	13.5 KB	表示
CIF形式データ	1wqb_validation.cif.gz	20.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wq/1wqb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wq/1wqb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5tcz-d 1pdc-d 5oll-d 2ysh-d 2n4t-d 6svc-d 1ldr-d 1ti5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Aptotoxin VII

3.54 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	18 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Aptotoxin VII / Paralytic peptide VII / PP VII 分子量: 3541.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: This peptide was chamically synthesized. This sequence occurs naturally in Aptostichus schlingeri. 参照: UniProt: P49271
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	DQF-COSY
1	3	1	2D TOCSY
1	4	2	2D NOESY
1	5	2	2D TOCSY
1	6	2	PE-COSY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	10mM Aptotoxin; 90% H2O, 10% D2O	90% H2O/10% D2O
2	10mM Aptotoxin; D2O	D2O

試料状態

イオン強度: 0 / pH: 3.5 / 圧: ambient / 温度: 288 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
UXNMR	96	Bruker	collection
UXNMR	96	Bruker	解析
X-PLOR	3.1		精密化
X-PLOR	3.1	Brunger	構造決定

精密化

手法: distance geometry simulated annealing, molecular dynamics
ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 392 restraints, 358 are NOE-derived distance constraints, 19 dihedral angle restraints, 15 distance restraints from hydrogen bonds and disulfide bonds.

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 18

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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