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- PDB-1wpu: Crystal Structure of the HutP antitermination complex bound to a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wpu
タイトルCrystal Structure of the HutP antitermination complex bound to a single stranded region of hut mRNA
要素
  • 5'-R(*UP*UP*GP*AP*GP*UP*U)-3'
  • Hut operon positive regulatory protein
キーワードTRANSCRIPTION/RNA / HutP / RNA binding / HutP-RNA complex / Antitermination / Transcription regulation / TRANSCRIPTION-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


L-histidine metabolic process / mRNA binding / positive regulation of gene expression
類似検索 - 分子機能
Hut operon positive regulatory protein HutP / Hut operon regulatory protein HutP / Hut operon regulatory protein HutP / Hut operon regulatory protein HutP, bacillales / Hut operon regulatory protein HutP superfamily / HutP / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HISTIDINE / RNA / Hut operon positive regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Kumarevel, T.S. / Mizuno, H. / Kumar, P.K.R.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural basis for the HutP antitermination Complex:Role of divalent metal ions in allosteric activation
著者: Kumarevel, T.S. / Mizuno, H. / Kumar, P.K.R.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure of Activated HutP; An RNA Binding Protein that Regulates Transcription of the hut Operon in Bacillus subtilis
著者: Kumarevel, T.S. / Fujimoto, Z. / Karthe, P. / Oda, M. / Mizuno, H. / Kumar, P.K.R.
#2: ジャーナル: NUCLEIC ACIDS RES. / 年: 2004
タイトル: Identification of important chemical groups of the hut mRNA for HutP interactions that regulate the hut operon in Bacillus subtilis
著者: Kumarevel, T.S. / Gopinath, S.C. / Nishikawa, S. / Mizuno, H. / Kumar, P.K.
履歴
登録2004年9月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.42021年11月10日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-R(*UP*UP*GP*AP*GP*UP*U)-3'
D: 5'-R(*UP*UP*GP*AP*GP*UP*U)-3'
A: Hut operon positive regulatory protein
B: Hut operon positive regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9628
ポリマ－36,6014
非ポリマー3614
水7,278404
1
C: 5'-R(*UP*UP*GP*AP*GP*UP*U)-3'
D: 5'-R(*UP*UP*GP*AP*GP*UP*U)-3'
A: Hut operon positive regulatory protein
B: Hut operon positive regulatory protein
ヘテロ分子

C: 5'-R(*UP*UP*GP*AP*GP*UP*U)-3'
D: 5'-R(*UP*UP*GP*AP*GP*UP*U)-3'
A: Hut operon positive regulatory protein
B: Hut operon positive regulatory protein
ヘテロ分子

C: 5'-R(*UP*UP*GP*AP*GP*UP*U)-3'
D: 5'-R(*UP*UP*GP*AP*GP*UP*U)-3'
A: Hut operon positive regulatory protein
B: Hut operon positive regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,88724
ポリマ－109,80412
非ポリマー1,08312
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_645-y+1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_765-x+y+2,-x+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.060, 76.060, 133.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
詳細The biological assembly is a hexamer generated from the dimer in the asymmetric unit by the operations: -y, x-y, z and -x+y, -x, z

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*UP*UP*GP*AP*GP*UP*U)-3'


分子量: 2199.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 Hut operon positive regulatory protein / HutP


分子量: 16101.357 Da / 分子数: 2 / Mutation: V51I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / プラスミド: pET5a, pETHP4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10943
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-HIS / HISTIDINE / 3-アゾニアヒスチジン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 156.162 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10N3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 404 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 26.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: MPD, HEPES, MgCl2, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2HEPES11
3MgCl211
4MPD12
5HEPES12
6MgCl212

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月7日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→50 Å / Num. all: 47155 / Num. obs: 47155 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 21.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042
反射 シェル解像度: 1.48→1.53 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.314 / Num. unique all: 4826 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1VEA

1vea


解像度: 1.48→19.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1551356.14 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 2338 5 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.214 46982 97.5 %-
all-47155 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 76.8352 Å2 / ksol: 0.359595 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.58 Å20.01 Å20 Å2
2---0.58 Å20 Å2
3---1.17 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.12 Å0.1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.48→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2218 290 24 404 2936
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.97
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.091.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.752
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.942
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.972.5
LS精密化 シェル解像度: 1.48→1.57 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 416 5.2 %
Rwork0.257 7596 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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