PDB-1wp1: Crystal structure of the drug-discharge outer membrane protein, OprM

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1wp1

タイトル

Crystal structure of the drug-discharge outer membrane protein, OprM

要素

Outer membrane protein oprM

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / BETA BARREL

機能・相同性

機能・相同性情報

xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / efflux transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / cell outer membrane / transmembrane transport / response to antibiotic / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.56 Å

データ登録者

Akama, H. / Kanemaki, M. / Yoshimura, M. / Tsukihara, T. / Kashiwagi, T. / Narita, S. / Nakagawa, A. / Nakae, T.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of the drug discharge outer membrane protein, OprM, of Pseudomonas aeruginosa: dual modes of membrane anchoring and occluded cavity end
著者: Akama, H. / Kanemaki, M. / Yoshimura, M. / Tsukihara, T. / Kashiwagi, T. / Yoneyama, H. / Narita, S. / Nakagawa, A. / Nakae, T.

履歴

登録	2004年8月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1wp1.cif.gz	172.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1wp1.ent.gz	139.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1wp1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/1wp1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/1wp1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5azs-d 3pik-1 3d5k-d 4k7r-1 4y1k-1 5azo-1 4y1k-2 5nsw-d 4mt4-d 4mt0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (3) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (3)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Outer membrane protein oprM

B: Outer membrane protein oprM

103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Outer membrane protein oprM

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
155 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Outer membrane protein oprM

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
155 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.43, 85.43, 1044.3
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

詳細

The biological assembly is a trimer by the operation -Y,X-Y,Z and Y-X,-X,Z.

#1: タンパク質	Outer membrane protein oprM / drug-discharge outer membrane protein OprM 分子量: 51737.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: oprM / プラスミド: pMMB67EH / 発現宿主: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株 (発現宿主): TNP072 / 参照: UniProt: Q51487
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.1 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: sodium acetate, imidazole, octyl-POE, CYMAL-3, MPD, tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 90 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: Bruker DIP-6040 / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月30日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.56→40 Å / Num. all: 48709 / Num. obs: 48709 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 11.4 % / B_iso Wilson estimate: 79.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 6.4
反射シェル	解像度: 2.56→2.7 Å / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.438 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 47683 / R_sym value: 0.362 / % possible all: 94.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.56→38.63 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / SU B: 25.59 / SU ML: 0.251 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.39 / ESU R Free: 0.307 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.30772	2438	5.1 %	RANDOM
R_work	0.25235	-	-	-
all	0.25503	48677	-	-
obs	0.25503	48677	99.15 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 82.123 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.73 Å²	0.36 Å²	0 Å²
2-	-	0.73 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.56→38.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6647	0	0	24	6671

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	6752
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.386	1.963	9182
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.989	5	856
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.307	24.458	332
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.6	15	1097
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.038	15	57
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	1056
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5202
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	3033
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	4680
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	178
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.196	0.2	155
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.189	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.593	1.5	4402
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.044	2	6814
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.591	3	2664
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.6	4.5	2368
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.564→2.63 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.377	161	-
R_work	0.349	2993	-
obs	-	-	90.14 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2971	1.067	-0.9527	6.7688	0.6526	8.7088	0.0626	0.1237	0.6061	-0.1987	-0.2616	0.0049	-1.9353	-0.0637	0.1991	0.001	0.0007	0.0011	0.0007	0.0001	-0.0008	7.102	75.008	38.963
2	2.1157	-1.079	2.8247	1.7899	-2.3911	4.5002	-0.2719	-0.039	0.3301	0.0952	0.3356	-0.749	-1.2131	1.4318	-0.0637	0.0957	-0.2956	0.1325	0.4793	-0.0253	0.0305	23.736	60.058	54.643
3	0.3978	0.1369	0.2053	0.4012	-0.2326	5.042	-0.0022	0.0736	-0.0016	-0.001	-0.0183	-0.0906	-0.4077	1.0378	0.0206	-0.1477	-0.0525	0.0134	-0.0397	-0.0132	-0.0416	11.589	53.273	59.358
4	0.1662	-0.0371	-1.3907	0.0083	0.3108	11.6359	0.3562	-0.0873	-0.2462	-0.3979	-0.2512	-0.1734	-0.4588	0.1187	-0.105	0.0003	0.0101	0.0118	-0.0057	-0.0125	-0.0044	7.071	51.135	-5.796
5	1.9726	0.3087	-1.7508	3.246	-2.2287	19.0608	-1.0136	-0.7101	0.0051	0.5138	-0.4726	-0.3131	1.2414	-0.9392	1.4862	0.0004	-0.0005	0.0019	-0.0003	0.0005	-0.0002	-7.101	-25.75	136.675
6	1.4328	-1.4541	1.0277	4.1992	-2.5606	1.5828	-0.2277	-0.4219	-0.6141	0.6601	-0.0292	-0.6244	1.0468	0.5624	0.2569	0.0345	0.103	0.1286	0.0353	0.0722	-0.0175	14.471	-20.97	120.086
7	1.7516	0.4037	-0.2801	2.0056	0.2141	1.833	-0.0086	-0.2874	-0.4391	0.2436	-0.234	-0.4438	0.4002	0.2441	0.2427	-0.1062	0.0436	-0.017	-0.0203	0.157	-0.1308	7.934	-9.352	116.203
8	5.3815	5.2	2.2479	6.2927	-2.7417	19.9787	0.4891	1.147	0.7416	0.2039	-0.4698	-1.9081	1.3489	-0.4678	-0.0193	-0.0001	0.0008	-0.0003	0.0004	0.0003	-0.0003	-4.511	-14.904	170.369

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 23
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	24 - 60
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	239 - 273
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	449 - 456
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	61 - 85
6	X-RAY DIFFRACTION	3	A	131 - 238
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	274 - 295
8	X-RAY DIFFRACTION	3	A	340 - 446
9	X-RAY DIFFRACTION	4	A	86 - 130
10	X-RAY DIFFRACTION	4	A	296 - 339
11	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1 - 23
12	X-RAY DIFFRACTION	6	B	24 - 60
13	X-RAY DIFFRACTION	6	B	239 - 273
14	X-RAY DIFFRACTION	7	B	61 - 85
15	X-RAY DIFFRACTION	7	B	131 - 238
16	X-RAY DIFFRACTION	7	B	274 - 295
17	X-RAY DIFFRACTION	7	B	340 - 446
18	X-RAY DIFFRACTION	8	B	86 - 89
19	X-RAY DIFFRACTION	8	B	123 - 130
20	X-RAY DIFFRACTION	8	B	296 - 303
21	X-RAY DIFFRACTION	8	B	329 - 339

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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