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万見
- PDB-1wp0: Human SCO1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wp0
タイトルHuman SCO1
要素SCO1 protein homolog
キーワードCHAPERONE / Cu-binding protein / mitochondrial assembly factor / redox
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex IV assembly / copper chaperone activity / mitochondrial respiratory chain complex IV assembly / myofibril / intracellular copper ion homeostasis / mitochondrial inner membrane / copper ion binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Synthesis of cytochrome c oxidase, Sco1/Sco2 / Copper chaperone SCO1/SenC / SCO1/SenC / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein SCO1 homolog, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Williams, J.C. / Sue, C. / Banting, G.S. / Yang, H. / Glerum, D.M. / Hendrickson, W.A. / Schon, E.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Crystal Structure of Human SCO1: IMPLICATIONS FOR REDOX SIGNALING BY A MITOCHONDRIAL CYTOCHROME c OXIDASE "ASSEMBLY" PROTEIN
著者: Williams, J.C. / Sue, C. / Banting, G.S. / Yang, H. / Glerum, D.M. / Hendrickson, W.A. / Schon, E.A.
履歴
登録2004年8月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SCO1 protein homolog
B: SCO1 protein homolog
C: SCO1 protein homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,3873
ポリマ－57,3873
非ポリマー00
水46826
1
A: SCO1 protein homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1291
ポリマ－19,1291
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: SCO1 protein homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1291
ポリマ－19,1291
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: SCO1 protein homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1291
ポリマ－19,1291
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.210, 103.154, 103.168
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 SCO1 protein homolog / hSco1


分子量: 19128.982 Da / 分子数: 3 / 断片: IMS fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET24D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-RIL / 参照: UniProt: O75880
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.4 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Peg4000, 200mM NaSCN, 5% Xylitol, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97887, 0.97928, 0.96864, 0.98713
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月15日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978871
20.979281
30.968641
40.987131
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. all: 30575 / Num. obs: 30575 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2399 1463 random
Rwork0.2087 --
obs0.216 28470 -
all-29933 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3883 0 0 26 3909

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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