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- PDB-1wo8: Crystal structure of methylglyoxal synthase from Thermus thermoph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wo8
タイトルCrystal structure of methylglyoxal synthase from Thermus thermophilus HB8
要素methylglyoxal synthase
キーワードLYASE / methylglyoxal synthase / Thermus thermophilus HB8 / Structural Genomics / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


methylglyoxal biosynthetic process / methylglyoxal synthase / methylglyoxal synthase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methylglyoxal synthase / Methylglyoxal synthase, active site / Methylglyoxal synthase active site. / Methylglyoxal synthase-like domain / Methylglyoxal synthase-like domain / Methylglyoxal synthase-like domain superfamily / MGS-like domain / MGS-like domain profile. / MGS-like domain / Rossmann fold ...Methylglyoxal synthase / Methylglyoxal synthase, active site / Methylglyoxal synthase active site. / Methylglyoxal synthase-like domain / Methylglyoxal synthase-like domain / Methylglyoxal synthase-like domain superfamily / MGS-like domain / MGS-like domain profile. / MGS-like domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Methylglyoxal synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Sugahara, M. / Kunishima, N. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of methylglyoxal synthase from Thermus thermophilus HB8
著者: Sugahara, M. / Kunishima, N.
履歴
登録2004年8月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: methylglyoxal synthase
B: methylglyoxal synthase
C: methylglyoxal synthase
D: methylglyoxal synthase
E: methylglyoxal synthase
F: methylglyoxal synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,05913
ポリマ－80,3866
非ポリマー6727
水14,700816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13130 Å2
ΔGint-199 kcal/mol
Surface area25560 Å2
手法PISA
2
A: methylglyoxal synthase
B: methylglyoxal synthase
C: methylglyoxal synthase
D: methylglyoxal synthase
E: methylglyoxal synthase
F: methylglyoxal synthase
ヘテロ分子

A: methylglyoxal synthase
B: methylglyoxal synthase
C: methylglyoxal synthase
D: methylglyoxal synthase
E: methylglyoxal synthase
F: methylglyoxal synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,11826
ポリマ－160,77312
非ポリマー1,34514
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area28930 Å2
ΔGint-410 kcal/mol
Surface area48450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.612, 130.612, 96.653
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-1101-

HOH

21C-1102-

HOH

31E-1121-

HOH

詳細The biological assembly is a hexamer(chain A,B,C,D,E,F) in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質
methylglyoxal synthase


分子量: 13397.733 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
生物種: Thermus thermophilus / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SHD6, methylglyoxal synthase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 816 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.2 %
結晶化温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.6
詳細: Lithium sulfate, pH 4.6, microbatch, temperature 291K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL26B111
回転陽極RIGAKU21.54178
検出器
タイプID検出器日付詳細
RIGAKU RAXIS V1IMAGE PLATE2004年7月7日
RIGAKU RAXIS IV2IMAGE PLATE2004年7月27日mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.541781
反射解像度: 1.7→40 Å / Num. all: 104491 / Num. obs: 104491 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 19.44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.432 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 10286 / Rsym value: 0.405 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→39.1 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.204 5144 -RANDOM
Rwork0.185 ---
all0.186 104336 --
obs0.186 104336 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.14 Å2-0.25 Å20 Å2
2---1.14 Å20 Å2
3---2.29 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.18 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.13 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→39.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5506 0 35 816 6357
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.012
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 510 -
Rwork0.234 --
obs-9817 99.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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