ソフトウェア 名称 バージョン 分類 CNS1.1 精密化 HKL-2000データ削減 SCALEPACKデータスケーリング SOLVE位相決定
精密化 構造決定の手法 : 多波長異常分散 / 解像度 : 1.58→37.12 Å / Rfactor Rfree error : 0.005 / Data cutoff high absF : 812070.46 / Data cutoff low absF : 0 / Isotropic thermal model : RESTRAINED / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / 立体化学のターゲット値 : Engh & HuberRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.229 1758 5 % RANDOM Rwork 0.208 - - - obs 0.208 35491 95 % -
溶媒の処理 溶媒モデル : FLAT MODEL / Bsol : 48.0179 Å2 / ksol : 0.361438 e/Å3 原子変位パラメータ Biso mean : 27.2 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -3.89 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - 5.03 Å2 0 Å2 3- - - -1.14 Å2
Refine analyze Free Obs Luzzati coordinate error 0.23 Å 0.19 Å Luzzati d res low - 5 Å Luzzati sigma a 0.22 Å 0.15 Å
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.58→37.12 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 967 0 0 117 1084
拘束条件 大きな表を表示 (4 x 19) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target X-RAY DIFFRACTION c_bond_d0.006 X-RAY DIFFRACTION c_bond_d_naX-RAY DIFFRACTION c_bond_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg1.3 X-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_protX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d23.5 X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d0.77 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_mcbond_it3.16 1.5 X-RAY DIFFRACTION c_mcangle_it3.97 2 X-RAY DIFFRACTION c_scbond_it5.76 2 X-RAY DIFFRACTION c_scangle_it8 2.5
LS精密化 シェル 解像度 : 1.58→1.64 Å / Rfactor Rfree error : 0.022 / Total num. of bins used : 10 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.278 162 5.9 % Rwork 0.272 2582 - obs - - 73.5 %
Xplor file Refine-ID Serial no Param file Topol file X-RAY DIFFRACTION 1 PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION 2 WATER_REP.PARAMWATER.TOP