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- PDB-1wn0: Crystal Structure of Histidine-containing Phosphotransfer Protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wn0
タイトルCrystal Structure of Histidine-containing Phosphotransfer Protein, ZmHP2, from maize
要素histidine-containing phosphotransfer protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / four-helix bundle / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cytokinin-activated signaling pathway / protein histidine kinase binding / cytokinin-activated signaling pathway / histidine phosphotransfer kinase activity / phosphorelay signal transduction system / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Histidine-containing phosphotransfer protein 1-5/Phosphorelay intermediate protein YPD1 / HPT domain / Hpt domain / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. / Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain / HPT domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Histidine-containing phosphotransfer protein
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Sugawara, H. / Kawano, Y. / Hatakeyama, T. / Yamaya, T. / Kamiya, N. / Sakakibara, H. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of the histidine-containing phosphotransfer protein ZmHP2 from maize
著者: Sugawara, H. / Kawano, Y. / Hatakeyama, T. / Yamaya, T. / Kamiya, N. / Sakakibara, H.
履歴
登録2004年7月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月4日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: histidine-containing phosphotransfer protein
B: histidine-containing phosphotransfer protein
C: histidine-containing phosphotransfer protein
D: histidine-containing phosphotransfer protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,9024
ポリマ－64,9024
非ポリマー00
水1,856103
1
A: histidine-containing phosphotransfer protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2251
ポリマ－16,2251
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: histidine-containing phosphotransfer protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2251
ポリマ－16,2251
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: histidine-containing phosphotransfer protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2251
ポリマ－16,2251
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: histidine-containing phosphotransfer protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2251
ポリマ－16,2251
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)148.800, 81.410, 89.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 123.42, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
histidine-containing phosphotransfer protein


分子量: 16225.483 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: Zmhp2 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: Q9SLX1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 50mM ammonium sulfate, 100mM sodium acetate buffer, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL45XU11
シンクロトロンSPring-8 BL45XU20.9791, 0.9793, 0.982
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月28日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1diamond trichromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.97911
30.97931
40.9821
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 42707 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / % possible all: 91.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: selenomethionine labeled protein

解像度: 2.2→19.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 4.951 / SU ML: 0.125 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.204 / ESU R Free: 0.184 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 2141 5 %RANDOM
Rwork0.209 ---
all0.211 42707 --
obs0.211 40566 94.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4175 0 0 103 4278
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0410.0224226
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023832
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5561.9575687
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.17838932
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2775526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1890.2648
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.024740
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02826
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2480.21064
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2530.24076
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1020.22428
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1880.295
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2780.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3160.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1740.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5421.52632
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.71324211
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.5931594
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.424.51476
LS精密化 シェル最高解像度: 2.2 Å / Num. reflection Rwork: 2847 / Total num. of bins used: 20
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7444-0.0421-0.4104-0.0002-0.12690.48360.03120.01440.01310.00570.02810.0041-0.0501-0.0328-0.05930.04310.00460.00160.07870.01710.051189.018919.736114.129
20.2469-0.0367-0.18750.2695-0.07081.4006-0.0279-0.0501-0.03730.01380.0007-0.0493-0.00280.03750.02710.00120.0090.00260.0782-0.0020.060857.7854-18.4723-12.0213
30.22890.0680.0340.43310.0757-0.0202-0.04490.00460.01490.02730.0473-0.0270.0199-0.0047-0.00240.0327-0.0015-0.00820.085-0.00650.043248.78690.48624.4026
40.111-0.00030.00090.56350.28550.19780.0283-0.003-0.0102-0.040.00280.0579-0.0158-0.002-0.03120.01690.001-0.00890.075900.058978.26990.503128.5457
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA9 - 1399 - 139
2X-RAY DIFFRACTION2BB11 - 13811 - 138
3X-RAY DIFFRACTION3CC5 - 1425 - 142
4X-RAY DIFFRACTION4DD5 - 1425 - 142

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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