PDB-1wn0: Crystal Structure of Histidine-containing Phosphotransfer Protein...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 1wn0

タイトル

Crystal Structure of Histidine-containing Phosphotransfer Protein, ZmHP2, from maize

要素

histidine-containing phosphotransfer protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / four-helix bundle / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cytokinin-activated signaling pathway / protein histidine kinase binding / cytokinin-activated signaling pathway / histidine phosphotransfer kinase activity / phosphorelay signal transduction system / phosphorylation / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Zea mays (トウモロコシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Sugawara, H. / Kawano, Y. / Hatakeyama, T. / Yamaya, T. / Kamiya, N. / Sakakibara, H. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of the histidine-containing phosphotransfer protein ZmHP2 from maize
著者: Sugawara, H. / Kawano, Y. / Hatakeyama, T. / Yamaya, T. / Kamiya, N. / Sakakibara, H.

履歴

登録	2004年7月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2007年10月4日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1wn0.cif.gz	114 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1wn0.ent.gz	90.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1wn0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1wn0_validation.pdf.gz	454.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1wn0_full_validation.pdf.gz	475.1 KB	表示
XML形式データ	1wn0_validation.xml.gz	23.3 KB	表示
CIF形式データ	1wn0_validation.cif.gz	31.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/1wn0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/1wn0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1i5n 1oxb 2a0b
類似構造データ	2r2v-2 1rpo-1 2b1f-d 6w6x-1 5w93-1 1grw-2 4dzl-1 2a26-2 5nkt-d 6hk5-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: ar_001000983.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: histidine-containing phosphotransfer protein

B: histidine-containing phosphotransfer protein

C: histidine-containing phosphotransfer protein

D: histidine-containing phosphotransfer protein

64.9 kDa, 4 ポリマー
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1

A: histidine-containing phosphotransfer protein

登録者が定義した集合体
16.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: histidine-containing phosphotransfer protein

登録者が定義した集合体
16.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: histidine-containing phosphotransfer protein

登録者が定義した集合体
16.2 kDa, 1 ポリマー
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4

D: histidine-containing phosphotransfer protein

登録者が定義した集合体
16.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	148.800, 81.410, 89.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 123.42, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	histidine-containing phosphotransfer protein 分子量: 16225.483 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: Zmhp2 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: Q9SLX1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 65 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 50mM ammonium sulfate, 100mM sodium acetate buffer, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SPring-8	BL45XU	1	1
シンクロトロン	SPring-8	BL45XU	2	0.9791, 0.9793, 0.982

検出器

タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月28日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	diamond trichromator	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2		MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	0.9791	1
3	0.9793	1
4	0.982	1

反射

解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 42707 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(I): 0

反射シェル

解像度: 2.2→2.28 Å / % possible all: 91.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散
開始モデル: selenomethionine labeled protein

解像度: 2.2→19.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 4.951 / SU ML: 0.125 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.204 / ESU R Free: 0.184 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.248	2141	5 %	RANDOM
R_work	0.209	-	-	-
all	0.211	42707	-	-
obs	0.211	40566	94.23 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4175	0	0	103	4278

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.041	0.022	4226
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3832
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.556	1.957	5687
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.178	3	8932
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.277	5	526
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.189	0.2	648
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	4740
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	826
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.248	0.2	1064
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.253	0.2	4076
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.102	0.2	2428
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.2	95
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.278	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.316	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.174	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.542	1.5	2632
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.713	2	4211
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.59	3	1594
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.42	4.5	1476

LS精密化シェル

最高解像度: 2.2 Å / Num. reflection R_work: 2847 / Total num. of bins used: 20

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7444	-0.0421	-0.4104	-0.0002	-0.1269	0.4836	0.0312	0.0144	0.0131	0.0057	0.0281	0.0041	-0.0501	-0.0328	-0.0593	0.0431	0.0046	0.0016	0.0787	0.0171	0.0511	89.0189	19.7361	14.129
2	0.2469	-0.0367	-0.1875	0.2695	-0.0708	1.4006	-0.0279	-0.0501	-0.0373	0.0138	0.0007	-0.0493	-0.0028	0.0375	0.0271	0.0012	0.009	0.0026	0.0782	-0.002	0.0608	57.7854	-18.4723	-12.0213
3	0.2289	0.068	0.034	0.4331	0.0757	-0.0202	-0.0449	0.0046	0.0149	0.0273	0.0473	-0.027	0.0199	-0.0047	-0.0024	0.0327	-0.0015	-0.0082	0.085	-0.0065	0.0432	48.7869	0.4862	4.4026
4	0.111	-0.0003	0.0009	0.5635	0.2855	0.1978	0.0283	-0.003	-0.0102	-0.04	0.0028	0.0579	-0.0158	-0.002	-0.0312	0.0169	0.001	-0.0089	0.0759	0	0.0589	78.2699	0.5031	28.5457

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	9 - 139	9 - 139
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	11 - 138	11 - 138
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	5 - 142	5 - 142
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	5 - 142	5 - 142

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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