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- PDB-1wmi: Crystal structure of archaeal RelE-RelB complex from Pyrococcus h... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wmi
タイトルCrystal structure of archaeal RelE-RelB complex from Pyrococcus horikoshii OT3
要素
  • hypothetical protein PHS013
  • hypothetical protein PHS014
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / toxin-antitoxin complex / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #250 / Family of unknown function (DUF5646) / ParE toxin of type II toxin-antitoxin system, parDE / RelE-like / Toxin-antitoxin system, RelE/ParE toxin family / YaeB-like fold / Toxin-antitoxin system, RelE/ParE toxin domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #250 / Family of unknown function (DUF5646) / ParE toxin of type II toxin-antitoxin system, parDE / RelE-like / Toxin-antitoxin system, RelE/ParE toxin family / YaeB-like fold / Toxin-antitoxin system, RelE/ParE toxin domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Takagi, H. / Kakuta, Y. / Kamachi, R. / Yao, M. / Tanaka, I. / Kimura, M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of archaeal toxin-antitoxin RelE-RelB complex with implications for toxin activity and antitoxin effects
著者: Takagi, H. / Kakuta, Y. / Okada, T. / Yao, M. / Tanaka, I. / Kimura, M.
履歴
登録2004年7月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein PHS013
B: hypothetical protein PHS014
C: hypothetical protein PHS013
D: hypothetical protein PHS014


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8164
ポリマ－37,8164
非ポリマー00
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: hypothetical protein PHS013
B: hypothetical protein PHS014

A: hypothetical protein PHS013
B: hypothetical protein PHS014

C: hypothetical protein PHS013
D: hypothetical protein PHS014

C: hypothetical protein PHS013
D: hypothetical protein PHS014


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,6318
ポリマ－75,6318
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
crystal symmetry operation2_556-x,-y,z+11
Buried area22770 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area27730 Å2
手法PISA
3
A: hypothetical protein PHS013
B: hypothetical protein PHS014

C: hypothetical protein PHS013
D: hypothetical protein PHS014


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8164
ポリマ－37,8164
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
Buried area10260 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area14980 Å2
手法PISA
4
A: hypothetical protein PHS013
B: hypothetical protein PHS014

C: hypothetical protein PHS013
D: hypothetical protein PHS014


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8164
ポリマ－37,8164
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,-y,z+11
Buried area8720 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area16530 Å2
手法PISA
5
A: hypothetical protein PHS013
B: hypothetical protein PHS014


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9082
ポリマ－18,9082
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
6
C: hypothetical protein PHS013
D: hypothetical protein PHS014


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9082
ポリマ－18,9082
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)47.533, 142.651, 37.168
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 hypothetical protein PHS013 / RelE


分子量: 10904.917 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / プラスミド: pET-22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Codon Plus (DE3)-RIL / 参照: UniProt: O73966
#2: タンパク質 hypothetical protein PHS014 / RelB


分子量: 8002.892 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / プラスミド: pET-22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Codon Plus (DE3)-RIL / 参照: UniProt: O73967
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 23.5 %
結晶化温度: 293.4 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: tri-Ammonium citrate, MPD, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.4K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL40B2 / 波長: 0.9794, 0.9792, 0.9000
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月12日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97941
20.97921
30.91
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 11170 / Num. obs: 11137 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 24.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.137 / % possible all: 72.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→10 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 1071 10 %RANDOM
Rwork0.228 ---
all-11170 --
obs-11137 83.4 %-
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.24 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2508 0 0 36 2544
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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