[日本語] English
万見
- PDB-1wma: Crystal structure of human CBR1 in complex with Hydroxy-PP -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wma
タイトルCrystal structure of human CBR1 in complex with Hydroxy-PP
要素Carbonyl reductase [NADPH] 1
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


alcohol dehydrogenase [NAD(P)+] / 15-hydroxyprostaglandin-D dehydrogenase (NADP+) / 15-hydroxyprostaglandin dehydrogenase (NADP+) / 15-hydroxyprostaglandin dehydrogenase (NADP+) activity / prostaglandin-E2 9-reductase / prostaglandin E2 9-reductase activity / carbonyl reductase (NADPH) / carbonyl reductase (NADPH) activity / vitamin K metabolic process / 15-hydroxyprostaglandin-D dehydrogenase (NADP+) activity ...alcohol dehydrogenase [NAD(P)+] / 15-hydroxyprostaglandin-D dehydrogenase (NADP+) / 15-hydroxyprostaglandin dehydrogenase (NADP+) / 15-hydroxyprostaglandin dehydrogenase (NADP+) activity / prostaglandin-E2 9-reductase / prostaglandin E2 9-reductase activity / carbonyl reductase (NADPH) / carbonyl reductase (NADPH) activity / vitamin K metabolic process / 15-hydroxyprostaglandin-D dehydrogenase (NADP+) activity / alcohol dehydrogenase (NADP+) activity / glucocorticoid metabolic process / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / cyclooxygenase pathway / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / epithelial cell differentiation / xenobiotic metabolic process / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / extracellular vesicle / extracellular exosome / cytosol
類似検索 - 分子機能
Carbonyl reductase [NADPH] 1-like / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AB3 / Chem-NDP / Carbonyl reductase [NADPH] 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO / 解像度: 1.24 Å
データ登録者Rauh, D. / Bateman, R. / Shokat, K.M.
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2005
タイトル: An unbiased cell morphology-based screen for new, biologically active small molecules
著者: Tanaka, M. / Bateman, R. / Rauh, D. / Vaisberg, E. / Ramachandani, S. / Zhang, C. / Hansen, K.C. / Burlingame, A.L. / Trautman, J.K. / Shokat, K.M. / Adams, C.L.
履歴
登録2004年7月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Carbonyl reductase [NADPH] 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,99413
ポリマ－30,2851
非ポリマー2,70912
水6,575365
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.450, 55.350, 95.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Carbonyl reductase [NADPH] 1


分子量: 30284.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET-11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P16152, carbonyl reductase (NADPH)

-
非ポリマー , 6種, 377分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-AB3 / 3-(4-AMINO-1-TERT-BUTYL-1H-PYRAZOLO[3,4-D]PYRIMIDIN-3-YL)PHENOL


分子量: 283.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H17N5O
#4: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#5: 化合物 ChemComp-PE5 / 3,6,9,12,15,18,21,24-OCTAOXAHEXACOSAN-1-OL / 2-(2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / オクタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 398.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O9 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル


分子量: 326.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.3 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, pH 6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.24→10 Å / Num. obs: 155494 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.034
反射 シェル解像度: 1.24→1.28 Å / Rsym value: 0.121 / % possible all: 96.1

-
解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXモデル構築
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO / 解像度: 1.24→10 Å / Num. parameters: 25751 / Num. restraintsaints: 33293 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1672 4439 5.3 %RANDOM
all0.1286 78110 --
obs-78110 94.6 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 31 / Occupancy sum hydrogen: 1878.61 / Occupancy sum non hydrogen: 2626.5
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.24→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2312 0 173 365 2850
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.029
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0239
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.07
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.077
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.027
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.046
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.092

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る