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- PDB-1wje: SOLUTION STRUCTURE OF H12C MUTANT OF THE N-TERMINAL ZN BINDING DO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wje
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF H12C MUTANT OF THE N-TERMINAL ZN BINDING DOMAIN OF HIV-1 INTEGRASE COMPLEXED TO CADMIUM, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE
要素HIV-1 INTEGRASE
キーワードZN-BINDING PROTEIN / AIDS / POLYPROTEIN / HYDROLASE / ASPARTYL PROTEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / telomerase activity / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont entry into host cell / viral translational frameshifting / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral ...Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Arc Repressor Mutant, subunit A / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Cai, M. / Gronenborn, A.M. / Clore, G.M.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1998
タイトル: Solution structure of the His12 --> Cys mutant of the N-terminal zinc binding domain of HIV-1 integrase complexed to cadmium.
著者: Cai, M. / Huang, Y. / Caffrey, M. / Zheng, R. / Craigie, R. / Clore, G.M. / Gronenborn, A.M.
履歴
登録1998年6月11日処理サイト: BNL
改定 1.01998年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月14日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIV-1 INTEGRASE
B: HIV-1 INTEGRASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6974
ポリマ－10,4722
非ポリマー2252
水00
1
A: HIV-1 INTEGRASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,3482
ポリマ－5,2361
非ポリマー1121
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 40REGULARIZED MEAN STRUCTURE
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド HIV-1 INTEGRASE


分子量: 5235.964 Da / 分子数: 2 / 変異: H12C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
属: Lentivirus / 細胞株: BL21 / 遺伝子: POTENTIAL / プラスミド: PET-15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): T7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P04587
#2: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

試料状態pH: 4.5 / 温度: 308 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMX600BrukerDMX6005001
Bruker DMX500BrukerDMX5006002

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
CNS位相決定
NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSBRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS, GROSSE-KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES, PANNU,READ,RICE,SIMONSON,WARREN精密化
CNS MODIFIEDMODIFIED構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURES WERE CALCULATED USING THE SIMULATED ANNEALING PROTOCOL OF NILGES ET AL. (1988) FEBS LETT. 229, 129-136, USING THE PROGRAM XPLOR 3.1 (BRUNGER) MODIFIED TO INCORPORATE COUPLING ...詳細: THE STRUCTURES WERE CALCULATED USING THE SIMULATED ANNEALING PROTOCOL OF NILGES ET AL. (1988) FEBS LETT. 229, 129-136, USING THE PROGRAM XPLOR 3.1 (BRUNGER) MODIFIED TO INCORPORATE COUPLING CONSTANT (GARRETT ET AL. (1984) J. MAGN RESON. SERIES B 104, 99-103), CARBON CHEMICAL SHIFT (KUSZEWSKI ET AL. (1995) J. MAGN. RESON. SERIES B 106, 92-96) RESTRAINTS AND A CONFORMATIONAL DATABASE POTENTIAL (KUSZEWSKI ET AL. (1996) PROTEIN SCI 5, 1067-1080 AND (1997) J. MAGN. RESON. 125, 171-177). THE 3D STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF THE H12C MUTANT OF HIV-1 INTEGRASE COMPLEXED TO CADMIUM WAS SOLVED BY MULTI-DIMENSIONAL HETERONUCLEAR-EDITED AND -FILTERED NMR IS BASED ON 757 EXPERIMENTAL RESTRAINTS (PER MONOMER): (A) INTRASUBUNIT: 203 SEQUENTIAL (|I-J|=1), 161 MEDIUM RANGE (1 < |I-J| >=5) AND 82 LONG RANGE (|I-J| >5) INTERRESIDUE, AND 5 INTRARESIDUE APPROXIMATE INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS; 16 DISTANCE RESTRAINTS FOR 8 HYDROGEN BONDS; 117 TORSION ANGLE (45 PHI, 35 PSI, 26 CHI1, 10 CHI2 AND 1 CHI3) RESTRAINTS; 47 THREE-BOND HN-HA COUPLING CONSTANT RESTRAINTS; 99 (50 CALPHA AND 49 CBETA) 13C SHIFT RESTRAINTS. (B) 20 INTERSUBUNIT INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS. (C) 7 AMBIGUOUS INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS THAT CAN ARISE FROM INTRA AND/OR INTERSUBUNIT INTERACTIONS. THE STRUCTURES WERE CALCULATED USING THE SIMULATED ANNEALING PROTOCOL OF NILGES ET AL. (1988) FEBS LETT. 229, 129-136, USING THE PROGRAM XPLOR 3.1 (BRUNGER) MODIFIED TO INCORPORATE COUPLING CONSTANT (GARRETT ET AL. (1984) J. MAGN RESON. SERIES B 104, 99-103), CARBON CHEMICAL SHIFT (KUSZEWSKI ET AL. (1995) J. MAGN. RESON. SERIES B 106, 92-96) RESTRAINTS AND A CONFORMATIONAL DATABASE POTENTIAL (KUSZEWSKI ET AL. (1996) PROTEIN SCI 5, 1067-1080 AND (1997) J. MAGN. RESON. 125, 171-177). THE 3D STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF THE H12C MUTANT OF HIV-1 INTEGRASE COMPLEXED TO CADMIUM WAS SOLVED BY MULTI-DIMENSIONAL HETERONUCLEAR-EDITED AND -FILTERED NMR IS BASED ON 757 EXPERIMENTAL RESTRAINTS (PER MONOMER): (A) INTRASUBUNIT: 203 SEQUENTIAL (|I-J|=1), 161 MEDIUM RANGE (1 < |I-J| >=5) AND 82 LONG RANGE (|I-J| >5) INTERRESIDUE, AND 5 INTRARESIDUE APPROXIMATE INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS; 16 DISTANCE RESTRAINTS FOR 8 HYDROGEN BONDS; 117 TORSION ANGLE (45 PHI, 35 PSI, 26 CHI1, 10 CHI2 AND 1 CHI3) RESTRAINTS; 47 THREE-BOND HN-HA COUPLING CONSTANT RESTRAINTS; 99 (50 CALPHA AND 49 CBETA) 13C SHIFT RESTRAINTS. (B) 20 INTERSUBUNIT INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS. (C) 7 AMBIGUOUS INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS THAT CAN ARISE FROM INTRA AND/OR INTERSUBUNIT INTERACTIONS.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: REGULARIZED MEAN STRUCTURE
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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