PDB-1wih: Solution structure of RSGI RUH-021, a domain II of ribosome recyc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1wih

タイトル

Solution structure of RSGI RUH-021, a domain II of ribosome recycling factor from mouse cDNA

要素

mitochondrial ribosome recycling factor

キーワード

Structural genomics / unknown function / ribosome recycling factor / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

Mitochondrial translation termination / ribosome disassembly / ribosomal large subunit binding / translation / mitochondrion
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics

データ登録者

Abe, T. / Hirota, H. / Koshiba, S. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of RSGI RUH-021, a domain II of ribosome recycling factor from Mouse cDNA
著者: Abe, T. / Hirota, H. / Koshiba, S. / Kigawa, T. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2004年5月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年11月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1wih.cif.gz	467 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1wih.ent.gz	389.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1wih.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1wih_validation.pdf.gz	343 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1wih_full_validation.pdf.gz	496.2 KB	表示
XML形式データ	1wih_validation.xml.gz	31.1 KB	表示
CIF形式データ	1wih_validation.cif.gz	48 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/1wih ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/1wih	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1yez-d 2dk3-d 4ca3-d 1qgp-d 3kui-d 3d2s-4 2epd-d 2k9l-d 3kus-1 2k6x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: mmt007020407.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: mitochondrial ribosome recycling factor

8.54 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy and target function

#1: タンパク質	mitochondrial ribosome recycling factor / RIKEN cDNA 2400002D02 分子量: 8539.772 Da / 分子数: 1 / 断片: domain II / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: tongue / 解説: Cell-free protein synthesis system / 遺伝子: RIKEN cDNA 2310061P21 / プラスミド: P030908-28 / 参照: UniProt: Q9D6S7

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY

NMR実験の詳細

Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy.

-
試料調製

詳細	内容: 0.50mM RSGI RUH-021 U-15N, 13C; 20mM d-Tris-HCl buffer; 100mM NaCl; 2mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D20 溶媒系: 90% H2O, 10% D20
試料状態	イオン強度: 100mM / pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	3.5	Bruker	collection
NMRPipe	20031121	Delaglio, F.	解析
NMRView	5.0.4	Johnson, B. A.	データ解析
KUJIRA	0.896	Kobayashi, N.	データ解析
CYANA	1.0.18	Guntert, P.	精密化

精密化

手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy and target function

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, target function
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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