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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1whs | |||||||||
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タイトル | STRUCTURE OF THE COMPLEX OF L-BENZYLSUCCINATE WITH WHEAT SERINE CARBOXYPEPTIDASE II AT 2.0 ANGSTROMS RESOLUTION | |||||||||
要素 | (SERINE CARBOXYPEPTIDASE ...) x 2 | |||||||||
キーワード | SERINE CARBOXYPEPTIDASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Triticum aestivum (コムギ) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2 Å | |||||||||
データ登録者 | Bullock, T.L. / Remington, S.J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994 タイトル: Structure of the complex of L-benzylsuccinate with wheat serine carboxypeptidase II at 2.0-A resolution. 著者: Bullock, T.L. / Branchaud, B. / Remington, S.J. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1990 タイトル: Structure of Wheat Serine Carboxypeptidase II at 3.5 Angstroms Resolution 著者: Liao, D.-I. / Remington, S.J. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990 タイトル: Crystallization of Serine Carboxypeptidases 著者: Wilson, K.P. / Liao, D.-I. / Bullock, T. / Remington, S.J. / Breddam, K. #3: ジャーナル: Carlsberg Res.Commun. / 年: 1987 タイトル: Primary Structure and Enzymatic Properties of Carboxypeptidase II from Wheat Bran 著者: Breddam, K. / Sorensen, S.B. / Svendsen, I. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1whs.cif.gz | 101.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1whs.ent.gz | 79.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1whs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1whs_validation.pdf.gz | 563.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1whs_full_validation.pdf.gz | 586.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1whs_validation.xml.gz | 14 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1whs_validation.cif.gz | 21.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wh/1whs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wh/1whs | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO A 43 / 2: CIS PROLINE - PRO A 54 / 3: CIS PROLINE - PRO A 96 |
-要素
-SERINE CARBOXYPEPTIDASE ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 28435.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: P08819, EC: 3.4.16.1 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 17320.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: P08819, EC: 3.4.16.1 |
-糖 , 3種, 3分子
#3: 多糖 | alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#5: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 3種, 386分子
#6: 化合物 | ChemComp-GOL / | ||
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#7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.41 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / Num. obs: 29338 / % possible obs: 72 % / Num. measured all: 52849 / Rmerge(I) obs: 0.048 |
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-解析
ソフトウェア | 名称: TNT / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2→20 Å /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.175 / 最高解像度: 2.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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