PDB-1wcg: Aphid myrosinase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1wcg

タイトル

Aphid myrosinase

要素

THIOGLUCOSIDASE

キーワード

HYDROLASE / APHID / BETA-GLUCOSIDASE / MYROSINASE / THIOGLUCOSIDASE / INSECT / GLUCOSIDASE / BETA-BARREL / GLYCOSIDASE

機能・相同性

機能・相同性情報

thioglucosidase / thioglucosidase activity / beta-glucosidase activity / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

BREVICORYNE BRASSICAE (ダイコンアブラムシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.1 Å

データ登録者

Husebye, H. / Arzt, S. / Burmeister, W.P. / Haertel, F.V. / Brandt, A. / Rossiter, J.T. / Bones, A.M.

引用

ジャーナル: Insect Biochem.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Crystal Structure at 1.1A Resolution of an Insect Myrosinase from Brevicoryne Brassicae Shows its Close Relationship to Beta-Glucosidases.
著者: Husebye, H. / Arzt, S. / Burmeister, W.P. / Haertel, F.V. / Brandt, A. / Rossiter, J.T. / Bones, A.M.

履歴

登録	2004年11月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2005年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.4	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1wcg.cif.gz	424.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1wcg.ent.gz	348.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1wcg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/1wcg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/1wcg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1cbgS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ai0-d 3ahx-3 4b3k-4 3scp-1 3vih-d 3vik-d 5idi-2 3vil-d 2e9m-d 3sco-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: THIOGLUCOSIDASE

B: THIOGLUCOSIDASE

ヘテロ分子

108 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: THIOGLUCOSIDASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: THIOGLUCOSIDASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.853, 67.365, 97.301
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.70, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9625, 0.1673, 0.2137), (0.1662, -0.9858, 0.023), (0.2145, 0.0134, -0.9766)
ベクター: -11.9159, -20.4606, 123.7433)

#1: タンパク質	THIOGLUCOSIDASE / MYROSINASE 分子量: 53796.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) BREVICORYNE BRASSICAE (ダイコンアブラムシ) プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CODON PLUS / 参照: UniProt: Q95X01, EC: 3.2.3.1
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1450 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	BELONGS TO FAMILY 1 OF GLYCOSYL HYDROLASES.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.21 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: APHID MYROSINASE IN 20 MM TRIS PH 8.0, 150 MM NACL, 10 MM MGCL2 AND 5MM DDT AT 10 MG/ML. CRYSTALS WERE GROWN IN HANGING DROPS WITH PRECIPITANT 0.2M SODIUM FORMATE, 20% PEG3350 MIXED TO THE ...詳細: APHID MYROSINASE IN 20 MM TRIS PH 8.0, 150 MM NACL, 10 MM MGCL2 AND 5MM DDT AT 10 MG/ML. CRYSTALS WERE GROWN IN HANGING DROPS WITH PRECIPITANT 0.2M SODIUM FORMATE, 20% PEG3350 MIXED TO THE PROTEIN AT A RATIO OF 1:1.

結晶

マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.21 %

結晶化

手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: APHID MYROSINASE IN 20 MM TRIS PH 8.0, 150 MM NACL, 10 MM MGCL2 AND 5MM DDT AT 10 MG/ML. CRYSTALS WERE GROWN IN HANGING DROPS WITH PRECIPITANT 0.2M SODIUM FORMATE, 20% PEG3350 MIXED TO THE ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月3日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射	モノクロメーター: DIAMOND(111) AND SI(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.1→19.65 Å / Num. obs: 384672 / % possible obs: 87 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 11.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 3.7
反射シェル	解像度: 1.1→1.13 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 42.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0003	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CBG

1cbg

解像度: 1.1→19.65 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.975 / SU B: 0.714 / SU ML: 0.016 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.031 / ESU R Free: 0.03 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.146	16717	5.1 %	RANDOM
R_work	0.132	-	-	-
obs	0.133	313715	85.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 8.19 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.08 Å²	0 Å²	-0.02 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.1→19.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7584	0	30	1450	9064

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	8097
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	6911
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.172	1.936	11070
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.629	3	16384
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.744	5	962
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.719	24.598	398
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.833	15	1378
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.315	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	1137
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	9041
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1698
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	1733
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.181	0.2	7280
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.188	0.2	4080
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	4000
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.122	0.2	1214
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.144	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.148	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.111	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.861	1.5	6143
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.989	2	7723
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.504	3	4198
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.941	4.5	3292
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.1→1.13 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.197	471
R_work	0.175	8939

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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