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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wce
タイトルCrystal structure of the T13 IBDV viral particle reveals a missing link in icosahedral viruses evolution
要素MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
キーワードVIRUS / NON-ENVELOPED ICOSAHEDRAL VIRUSES / DOUBLE-STRANDED RNA VIRUS PROTEIN / BIRNAVIRUS / TRANSCRIPTASE MACHINERY / HYDROLASE / MEMBRANE TRANSLOCATION ACTIVITY / EVOLUTION / ICOSAHEDRAL VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


T=13 icosahedral viral capsid / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type peptidase activity / host cell cytoplasm / structural molecule activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Birnavirus VP3, domain 2 / Birnavirus VP3, domain 1 / Birnavirus VP2 protein / Birnavirus VP3 protein / Birnavirus VP4 protease domain / Birnavirus VP2 protein / Birnavirus VP3 protein / Birnavirus VP4 protein / Birnavirus VP4 protease domain profile. / Viral coat protein subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種INFECTIOUS BURSAL DISEASE VIRUS (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 7 Å
Model type detailsCA ATOMS ONLY, CHAIN A, B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M
データ登録者Coulibaly, F. / Chevalier, C. / Gutsche, I. / Pous, J. / Bressanelli, S. / Navaza, J. / Delmas, B. / Rey, F.A.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2005
タイトル: The Birnavirus Crystal Structure Reveals Structural Relationships Among Icosahedral Viruses.
著者: Coulibaly, F. / Chevalier, C. / Gutsche, I. / Pous, J. / Navaza, J. / Bressanelli, S. / Delmas, B. / Rey, F.A.
履歴
登録2004年11月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
B: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
C: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
D: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
E: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
F: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
G: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
H: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
I: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
J: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
K: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
L: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
M: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)613,86213
ポリマ－613,86213
非ポリマー00
水00
1
A: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
B: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
C: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
D: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
E: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
F: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
G: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
H: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
I: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
J: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
K: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
L: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
M: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,831,728780
ポリマ－36,831,728780
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
B: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
C: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
D: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
E: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
F: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
G: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
H: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
I: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
J: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
K: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
L: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
M: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 3.07 MDa, 65 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,069,31165
ポリマ－3,069,31165
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
B: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
C: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
D: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
E: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
F: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
G: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
H: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
I: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
J: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
K: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
L: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
M: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 3.68 MDa, 78 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,683,17378
ポリマ－3,683,17378
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
B: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
C: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
D: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
E: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
F: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
G: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
H: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
I: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
J: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
K: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
L: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
M: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
x 60


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 36.8 MDa, 780 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,831,728780
ポリマ－36,831,728780
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation59
単位格子
Length a, b, c (Å)854.010, 692.230, 792.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.309055, -0.806547, -0.503951), (0.811939, 0.499682, -0.301782), (0.495217, -0.31591, 0.809296)526.37492, 59.61583, 41.39834
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27generate(-0.499656, 0.329859, -0.80096), (-0.287442, 0.809127, 0.512534), (0.817142, 0.48632, -0.30947)364.43271, 25.96138, -83.5273
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36generate(0.016856, 0.001224, 0.999857), (0.99974, -0.015374, -0.016835), (0.015351, 0.999881, -0.001482)11.49282, 141.40263, -151.1209
37generate(0.50135, -0.328849, 0.800317), (0.288155, -0.808701, -0.512805), (0.815853, 0.48771, -0.310682)61.8309, 666.02725, -83.49316
38generate(0.28427, -0.82151, 0.494279), (-0.82151, -0.474504, -0.316176), (0.494279, -0.316176, -0.809766)339.25591, 748.26414, 362.16465
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47generate(-0.823926, -0.482796, 0.296739), (-0.482796, 0.32383, -0.81366), (0.296739, -0.81366, -0.499904)497.63702, 498.12825, 515.17872
48generate(-0.499689, 0.329548, 0.801067), (-0.289218, 0.808253, -0.512913), (-0.816495, -0.487981, -0.308564)47.44506, 229.618, 602.17224
49generate(0.509844, 0.314627, 0.800668), (0.312864, 0.799173, -0.513263), (-0.801358, 0.512185, 0.309018)-162.76964, 104.33157, 130.52458
50generate(0.809532, -0.506938, 0.296092), (0.491395, 0.309138, -0.814227), (0.32123, 0.804641, 0.499364)157.50248, 295.41055, -247.96322
51generate(0.016856, 0.99974, 0.015351), (0.001224, -0.015374, 0.999881), (0.999857, -0.016835, -0.001482)-139.23975, 153.26276, -9.33463
52generate(0.824539, 0.481108, -0.297775), (0.483054, -0.324541, 0.813223), (0.294607, -0.814376, -0.499998)-70.1312, 194.38375, 515.90008
53generate(0.497995, -0.330559, -0.801706), (0.288505, -0.808679, 0.512644), (-0.817781, -0.48659, -0.30735)380.23994, 462.9695, 601.72526
54generate(-0.511504, -0.313564, -0.800026), (-0.313564, -0.798724, 0.513534), (-0.800026, 0.513534, 0.310229)589.47605, 587.84363, 129.53343
55generate(-0.808864, 0.508606, -0.295057), (-0.491113, -0.308435, 0.814663), (0.323337, 0.803858, 0.499265)268.41995, 396.43433, -248.12235
56generate(-0.016823, -0.999726, 0.016259), (0.00085, 0.016247, 0.999868), (-0.999858, 0.016835, 0.000576)559.81832, 142.40061, 405.39041
57generate(-0.808864, -0.491113, 0.323337), (0.508606, -0.308435, 0.803858), (-0.295057, 0.814663, 0.499265)492.03646, 185.20933, -119.88234
58generate(-0.488616, 0.304841, 0.817512), (0.304841, -0.818281, 0.487327), (0.817512, 0.487327, 0.306897)50.37813, 467.81761, -205.95733
59generate(0.50135, 0.288155, 0.815853), (-0.328849, -0.808701, 0.48771), (0.800317, -0.512805, -0.310682)-154.79987, 599.67041, 266.11815
60generate(0.792933, -0.518112, 0.320651), (-0.516726, -0.292934, 0.804477), (-0.32288, -0.803585, -0.499999)160.05148, 398.55164, 643.95183

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要素

#1: タンパク質
MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2 / IBDV VP2 SUBVIRAL PARTICLE / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 47220.164 Da / 分子数: 13 / 断片: RESIDUES 1-441 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: VACCINE STRAIN (MERIAL)
由来: (天然) INFECTIOUS BURSAL DISEASE VIRUS (ウイルス)
株: CT / 参照: UniProt: P15480

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 %
解説: THE DATA WERE PROCESSED IN SPACE GROUP P21. THE 00L, L-ODD REFLECTIONS APPEAR WEAK IN THE REFLECTION FILE. THE AUTHORS SUGGEST THAT THIS IS LIKELY DUE TO THE ICOSAHEDRAL NON-CRYSTALLOGRAPHIC ...解説: THE DATA WERE PROCESSED IN SPACE GROUP P21. THE 00L, L-ODD REFLECTIONS APPEAR WEAK IN THE REFLECTION FILE. THE AUTHORS SUGGEST THAT THIS IS LIKELY DUE TO THE ICOSAHEDRAL NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY OF THE VIRAL PARTICLE
結晶化pH: 7.5
詳細: 1.6% PEG8000 0.5M KSCN 100 MM HEPES PH7.5 20% GLYCEROL 20% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.72017
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月4日
放射モノクロメーター: SILICON / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.72017 Å / 相対比: 1
反射解像度: 7→50 Å / Num. obs: 1089650 / % possible obs: 75.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 5.68
反射 シェル解像度: 7→7.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 1.72 / % possible all: 63.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
URO位相決定
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1WCD

1wcd


解像度: 7→50 Å / σ(F): 5.68
詳細: THE MODEL WAS BUILT AS DOCKING FROM AN EM MAP. RIGID BODY REFINEMENT FROM T1 PARTICLE (PDB ID 1WCD)
反射数%反射
obs1089650 75.1 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5533 0 0 0 5533
LS精密化 シェル解像度: 7→50 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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