PDB-1wbe: X-ray structure of bovine GLTP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1wbe

タイトル

X-ray structure of bovine GLTP

要素

GLYCOLIPID TRANSFER PROTEIN

キーワード

LIPID TRANSPORT / GLYCOLIPID TRANSFER PROTEIN / GLYCOLIPID TRANSFER / ACETYLATION

機能・相同性

機能・相同性情報

lipid transfer activity / ceramide 1-phosphate transfer activity / ceramide transport / ceramide 1-phosphate binding / glycolipid binding / intermembrane lipid transfer / lipid binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

BOS TAURUS (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.36 Å

データ登録者

Airenne, T.T. / Kidron, H. / West, G. / Nymalm, Y. / Nylund, M. / Mattjus, P. / Salminen, T.A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structural Evidence for Adaptive Ligand Binding of Glycolipid Transfer Protein.
著者: Airenne, T.T. / Kidron, H. / Nymalm, Y. / Nylund, M. / West, G. / Mattjus, P. / Salminen, T.A.

履歴

登録	2004年11月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2005年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年6月28日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1wbe.cif.gz	64.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1wbe.ent.gz	46.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1wbe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1wbe_validation.pdf.gz	448.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1wbe_full_validation.pdf.gz	451.6 KB	表示
XML形式データ	1wbe_validation.xml.gz	13.9 KB	表示
CIF形式データ	1wbe_validation.cif.gz	20.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/1wbe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/1wbe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1tfjSC 2bv7C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1swx-d 2evs-2 4k8n-6 4k84-1 3ury-2 3s0i-d 3ko0-10 6pjl-d 3ko0-4 2idw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GLYCOLIPID TRANSFER PROTEIN

ヘテロ分子

24.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.741, 35.393, 58.423
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 116.55, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	GLYCOLIPID TRANSFER PROTEIN / GLTP 分子量: 23950.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BOS TAURUS (ウシ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P68265
#2: 化合物	ChemComp-DKA / DECANOIC ACID 分子量: 172.265 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₀O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	THE PROTEIN ACCELERATES THE INTERMEMBRANE TRANSFER OF VARIOUS GLYCOLIPIDS.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.85 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.804
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.804 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.36→25 Å / Num. obs: 41883 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 22
反射シェル	解像度: 1.36→1.45 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 73.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
ARP/wARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TFJ

1tfj

解像度: 1.36→24.25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 1.101 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.219	2124	5.1 %	RANDOM
R_work	0.184	-	-	-
obs	0.186	39758	95.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.31 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.38 Å²	0 Å²	0.12 Å²
2-	-	-0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.36→24.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1652	0	18	292	1962

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	1835
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.674	1.981	2493
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.091	5	207
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.914	24.588	85
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.501	15	358
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.594	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	291
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1336
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	1018
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.315	0.2	1284
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	207
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.241	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.149	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.256	1.5	1104
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.833	2	1768
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.75	3	848
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4	4.5	725
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.36→1.4 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.295	113
R_work	0.292	2005

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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