[日本語] English
万見
- PDB-1wbc: CRYSTALLIZATION AND PRELIMINARY X-RAY STUDIES OF PSOPHOCARPIN B1,... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wbc
タイトルCRYSTALLIZATION AND PRELIMINARY X-RAY STUDIES OF PSOPHOCARPIN B1, A CHYMOTRYPSIN INHIBITOR FROM WINGED BEAN SEEDS
要素CHYMOTRYPSIN INHIBITOR (WCI)
キーワードSERINE PROTEASE INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase inhibitor activity
類似検索 - 分子機能
Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) protease inhibitors family signature. / Proteinase inhibitor I3, Kunitz legume / Trypsin and protease inhibitor / Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) family of protease inhibitors / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chymotrypsin inhibitor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Psophocarpus tetragonolobus (マメ科)
手法X線回折 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Dattagupta, J.K. / Podder, A. / Chakrabarti, C. / Sen, U. / Dutta, S.K. / Singh, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996
タイトル: Structure of a Kunitz-type chymotrypsin from winged bean seeds at 2.95 A resolution.
著者: Dattagupta, J.K. / Podder, A. / Chakrabarti, C. / Sen, U. / Dutta, S.K. / Singh, M.
履歴
登録1995年11月30日処理サイト: BNL
改定 1.01996年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月4日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Advisory / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年10月16日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700SHEET WCI HAS BEEN FOUND TO BE SPHERICAL AND CONSISTS OF 12 ANTIPARALLEL BETA-STRANDS WITH ...SHEET WCI HAS BEEN FOUND TO BE SPHERICAL AND CONSISTS OF 12 ANTIPARALLEL BETA-STRANDS WITH CONNECTING LOOPS ARRANGED IN A CHARACTERISTIC FOLDING - A SIX-STRANDED BETA-BARREL AND A SIX-STRANDED LID (COMPRISING OF THREE PAIRS OF ANTIPARALLEL B-STRANDS) ON ONE HOLLOW END OF THE BARREL. A PSEUDO THREE-FOLD AXIS EXISTS PARALLEL TO THE BARREL AXIS OF THE STRUCTURE. EACH OF THE THREE SUBDOMAINS COMPRISES FOUR B-STRANDS WITH CONNECTING LOOPS.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CHYMOTRYPSIN INHIBITOR (WCI)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2671
ポリマ－20,2671
非ポリマー00
水1,00956
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.400, 61.400, 210.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

-
要素

#1: タンパク質 CHYMOTRYPSIN INHIBITOR (WCI)


分子量: 20266.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Psophocarpus tetragonolobus (マメ科) / 組織: SEED / 参照: UniProt: P10822
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.53 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
16.67 mg/mlprotein1drop
28.3 %ammonium sulfate1drop
30.1 MTris-HCl1drop
425 %ammonium sulfate1reservoir
50.1 MTris-HCl1reservoir

-
データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2.95 Å / Num. obs: 3913 / % possible obs: 85 % / Num. measured all: 9549 / Rmerge(I) obs: 0.046

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.95→8 Å
詳細: THE ELECTRON DENSITY IS CONTINUOUS FOR ALL THE MAIN CHAIN ATOMS EXCEPT FOR RESIDUES 179 AND 180 NEAR THE C-TERMINUS. HOWEVER THE FITTING OF THE MODEL TO THE ELECTRON DENSITY MAP IN THE ...詳細: THE ELECTRON DENSITY IS CONTINUOUS FOR ALL THE MAIN CHAIN ATOMS EXCEPT FOR RESIDUES 179 AND 180 NEAR THE C-TERMINUS. HOWEVER THE FITTING OF THE MODEL TO THE ELECTRON DENSITY MAP IN THE RESIDUE RANGES 107 - 113, 136 - 143, AND 152 - 157 IS SOMEWHAT POOR.
Rfactor反射数
Rwork0.191 -
obs0.191 3703
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1415 0 0 56 1471
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 20 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.9

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る