+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1w8y | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of the nitrocefin acyl-DD-peptidase from Actinomadura R39. | |||||||||
![]() | D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase | |||||||||
![]() | HYDROLASE / PENICILLIN-BINDING / ACTINOMADURA / PEPTIDOGLYCAN / NITROCEFIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / response to antibiotic / proteolysis / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Sauvage, E. / Herman, R. / Petrella, S. / Duez, C. / Frere, J.M. / Charlier, P. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of the Actinomadura R39 Dd- Peptidase Reveals New Domains in Penicillin- Binding Proteins. 著者: Sauvage, E. / Herman, R. / Petrella, S. / Duez, C. / Bouillenne, F. / Frere, J.M. / Charlier, P. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 360.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 292.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 77.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 107.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
4 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50083.812 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P39045, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-NCF / ( #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.13 % |
---|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月10日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→40.8 Å / Num. obs: 69694 / % possible obs: 86.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 42.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 9.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 80.5 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1W79 解像度: 2.4→19.94 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 2181110.69 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LLKELIHOOD
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.8654 Å2 / ksol: 0.36853 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.6 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.94 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|