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- PDB-1w7z: Crystal structure of the free (uncomplexed) Ecballium elaterium t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w7z
タイトルCrystal structure of the free (uncomplexed) Ecballium elaterium trypsin inhibitor (EETI-II)
要素TRYPSIN INHIBITOR II
キーワードPROTEASE INHIBITOR / SQUASH SEED INHIBITOR / CYSTEIN KNOT / ECBALLIUM ELATERIUM / TRYPSIN
機能・相同性Proteinase inhibitor I7, squash / Squash family serine protease inhibitor / Squash family of serine protease inhibitors signature. / Plant trypsin inhibitors / Proteinase/amylase inhibitor domain superfamily / serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular region / FORMIC ACID / Trypsin inhibitor 2
機能・相同性情報
生物種ECBALLIUM ELATERIUM (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Kraetzner, R. / Debreczeni, J.E. / Pape, T. / Kolmar, H. / Schneider, T.R. / Uson, I. / Scheldrick, G.M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Structure of Ecballium Elaterium Trypsin Inhibitor II (Eeti-II): A Rigid Molecular Scaffold
著者: Kraetzner, R. / Debreczeni, J.E. / Pape, T. / Schneider, T.R. / Wentzel, A. / Kolmar, H. / Scheldrick, G.M. / Uson, I.
履歴
登録2004年9月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRYPSIN INHIBITOR II
B: TRYPSIN INHIBITOR II
C: TRYPSIN INHIBITOR II
D: TRYPSIN INHIBITOR II
E: TRYPSIN INHIBITOR II
F: TRYPSIN INHIBITOR II
G: TRYPSIN INHIBITOR II
H: TRYPSIN INHIBITOR II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,36514
ポリマ－25,1588
非ポリマー2076
水2,342130
1
A: TRYPSIN INHIBITOR II
B: TRYPSIN INHIBITOR II
C: TRYPSIN INHIBITOR II
D: TRYPSIN INHIBITOR II
E: TRYPSIN INHIBITOR II
F: TRYPSIN INHIBITOR II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,07512
ポリマ－18,8686
非ポリマー2076
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
G: TRYPSIN INHIBITOR II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,1451
ポリマ－3,1451
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
H: TRYPSIN INHIBITOR II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,1451
ポリマ－3,1451
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)71.160, 82.340, 62.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.80, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.46618, 0.11675, -0.87695), (0.12906, -0.98962, -0.06314), (-0.87522, -0.08374, -0.47641)15.75949, 11.51061, 28.55935
2given(-0.46815, -0.0702, -0.88086), (-0.12596, 0.99196, -0.01211), (0.87463, 0.10529, -0.4732)33.69431, 2.2104, -3.94623
3given(-0.99966, 0.00089, -0.02594), (-9.0E-5, -0.99952, -0.03111), (-0.02596, -0.0311, 0.99918)35.63662, 13.93484, 0.42877
4given(-0.52223, -0.10698, 0.84607), (0.85274, 0.07774), (-0.516521, 0.99122, 0.13182)20.87148, -1.51129, 27.61448
5given(0.54517, 0.07613, 0.83486), (0.07249, -0.99642, 0.04352), (0.83519, 0.0368, -0.54873)0.58361, 11.65154, -2.06494
6given(-0.55647, 0.39253, 0.7323), (-0.45287, -0.88223, 0.12876), (0.6966, -0.25999, 0.6687)16.74032, 30.82043, -1.78582
7given(-0.74484, -0.3314, -0.57913), (-0.35553, 0.93158, -0.07583), (0.56463, 0.14942, -0.8117)39.00362, -20.38629, -12.19298
詳細THE QUATERNARY STRUCTURE OF THE PROTEIN IS BELIEVED TOBE HEXAMERIC. CHAINS A TO F FORM THE HEXAMER, WHEREASCHAINS G AND H DO NOT OBEY ANY NON-CRYSTALLOGRAPHICSYMMETRY.

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
TRYPSIN INHIBITOR II / EETI-II


分子量: 3144.696 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ECBALLIUM ELATERIUM (植物) / プラスミド: PLZPWB-ETI-II / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): W3110 / 参照: UniProt: P12071
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化pH: 4.6 / 詳細: 2M NA-FORMATE 0.1 M NA-ACETATE PH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年5月16日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→55.13 Å / Num. obs: 35516 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 1.68→1.8 Å / 冗長度: 3.75 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SADABSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1H9H

1h9h


解像度: 1.67→55.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 4.394 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 1779 5 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.197 33780 96.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.21 Å20 Å20.31 Å2
2---0.13 Å20 Å2
3---1.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.67→55.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1666 0 12 130 1808
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0221802
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.021632
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8142.0022434
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.03533838
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2565240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.65222.58162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.3815281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1791519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1380.2263
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021984
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02331
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2470.2387
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2140.21635
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.2864
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.130.21163
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1720.291
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3430.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2860.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.5290.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8651.51232
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.95421951
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6363570
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5134.5480
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.67→1.72 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.262 95
Rwork0.231 1769

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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