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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1w7w | ||||||
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タイトル | Structure and mutational analysis of a plant mitochondrial nucleoside diphosphate kinase: identification of residues involved in serine phosphorylation and oligomerization. | ||||||
要素 | NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / MITOCHONDRIAL NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE / NDPK3 / PISUM SATIVUM / KINASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nucleoside-diphosphate kinase / CTP biosynthetic process / UTP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | PISUM SATIVUM (エンドウ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Johansson, M. / MacKenzie-Hose, A. / Andersson, I. / Knorpp, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plant Physiol. / 年: 2004 タイトル: Structure and Mutational Analysis of a Plant Mitochondrial Nucleoside Diphosphate Kinase: Identification of Residues Involved in Serine Phosphorylation and Oligomerisation 著者: Johansson, M. / Mackenzie-Hose, A. / Andersson, I. / Knorpp, C. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1w7w.cif.gz | 182.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1w7w.ent.gz | 146.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1w7w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1w7w_validation.pdf.gz | 476.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1w7w_full_validation.pdf.gz | 496 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1w7w_validation.xml.gz | 34.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1w7w_validation.cif.gz | 46.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/1w7w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/1w7w | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1f6tS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20722.404 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PISUM SATIVUM (エンドウ) / 株: OREGON SUGAR POD / プラスミド: PPROEX / 発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9SP13, nucleoside-diphosphate kinase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.3 % |
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結晶化 | pH: 5.5 詳細: 16 TO 18% METHYL PENTANEDIOL, 100 MM SODIUM ACETATE, PH 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月14日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 26099 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.46 % / Biso Wilson estimate: 50.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 9.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 85.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1F6T 解像度: 2.8→19.84 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 2021609.8 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 20.122 Å2 / ksol: 0.307388 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.84 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.032 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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