[日本語] English
万見
- PDB-1w4m: Structure of the human pleckstrin DEP domain by multidimensional NMR -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w4m
タイトルStructure of the human pleckstrin DEP domain by multidimensional NMR
要素PLECKSTRIN
キーワードSIGNAL TRANSDUCTION / DEP DOMAIN / HUMAN PLECKSTRIN
機能・相同性
機能・相同性情報


: / protein secretion by platelet / regulation of cell diameter / negative regulation of inositol phosphate biosynthetic process / positive regulation of actin filament depolymerization / platelet degranulation / phospholipase C-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of actin filament bundle assembly / phosphatidylinositol metabolic process / positive regulation of integrin activation ...: / protein secretion by platelet / regulation of cell diameter / negative regulation of inositol phosphate biosynthetic process / positive regulation of actin filament depolymerization / platelet degranulation / phospholipase C-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of actin filament bundle assembly / phosphatidylinositol metabolic process / positive regulation of integrin activation / cell projection organization / ruffle organization / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / negative regulation of calcium-mediated signaling / positive regulation of platelet activation / vesicle docking involved in exocytosis / cortical actin cytoskeleton organization / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / thrombin-activated receptor signaling pathway / hematopoietic progenitor cell differentiation / protein kinase C binding / integrin-mediated signaling pathway / platelet aggregation / ruffle membrane / Platelet degranulation / actin cytoskeleton organization / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / intracellular signal transduction / protein homodimerization activity / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pleckstrin, DEP domain / : / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain ...Pleckstrin, DEP domain / : / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / PH-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Civera, C. / Simon, B. / Stier, G. / Sattler, M. / Macias, M.J.
引用ジャーナル: Proteins: Struct.,Funct., Genet. / 年: 2005
タイトル: Structure and Dynamics of the Human Pleckstrin Dep Domain: Distinct Molecular Features of a Novel Dep Domain Subfamily
著者: Civera, C. / Simon, B. / Stier, G. / Sattler, M. / Macias, M.J.
履歴
登録2004年7月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PLECKSTRIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4631
ポリマ－11,4631
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100LOWEST ENERGY
代表モデルモデル #1

-
要素

#1: タンパク質 PLECKSTRIN / HUMAN PLECKSTRIN DEP DOMAIN / PLATELET P47 PROTEIN


分子量: 11462.791 Da / 分子数: 1 / 断片: HUMAN DEP DOMAIN, RESIDUES 121-223 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET9D, PETM30 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P08567

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D HOMONUCLEAR TOCSY AND NOESY
1211H-15N-HSQC
131HNCA
141CBCANH
151CBCA(CO)NH
161HNCO
171(H)CC(CO)NH
181C(CO)NH
191(H)CCH-TOCSY
1101HBHA(CO)NH
1111HBCBCCDHD
1121HBCBCCDCEHE3D
113113C-EDITED TOCSY
11411H-15N-HNHA
1151IPAP 1H-15N-HSQC
NMR実験の詳細Text: NONE

-
試料調製

詳細内容: 20MM PHOSPHATE BUFFER, 30MM NACL, 3MM DITHIOTHREITOL (DTT), 0. 03% (W/V) NAN3 IN 90% H2O / 10% D2O OR 100% D2O
試料状態イオン強度: 30 mM / pH: 6.5 / 温度: 295.0 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSBRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS, GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES, PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN精密化
ARIA CNSCNS構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る