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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1w3z | ||||||
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タイトル | SeMet derivative of BbCRASP-1 from Borrelia Burgdorferi | ||||||
要素 | BBCRASP-1 | ||||||
キーワード | COMPLEMENT REGULATOR / COMPLEMENT REGULATOR ACQUIRING SURFACE PROTEIN / LYME BORRELIOSIS / FACTOR H BINDING / TICK / SELENOMETHIONINE | ||||||
機能・相同性 | Bbcrasp-1 / Bbcrasp-1 / Borrelia lipoprotein paralogus family 54/60 / Borrelia Bbcrasp-1 domain containing protein / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Complement regulator-acquiring surface protein 1 (CRASP-1) / Complement regulator-acquiring surface protein 1 (CRASP-1) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | BORRELIA BURGDORFERI (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Cordes, F.S. / Roversi, P. / Goodstadt, L. / Ponting, C. / Kraiczy, P. / Skerka, C. / Kirschfink, M. / Simon, M.M. / Brade, V. / Zipfel, P. ...Cordes, F.S. / Roversi, P. / Goodstadt, L. / Ponting, C. / Kraiczy, P. / Skerka, C. / Kirschfink, M. / Simon, M.M. / Brade, V. / Zipfel, P. / Wallich, R. / Lea, S.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2005 タイトル: A Novel Fold for the Factor H-Binding Protein Bbcrasp-1 of Borrelia Burgdorferi 著者: Cordes, F.S. / Roversi, P. / Kraiczy, P. / Simon, M.M. / Brade, V. / Jahraus, O. / Wallis, R. / Skerka, C. / Zipfel, P. / Wallich, R. / Lea, S.M. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004 タイトル: Crystallisation and Preliminary Crystallographic Analysis of Bbcrasp-1, a Complement Regulator-Acquiring Surface Protein of Borrelia Burgdorferi 著者: Cordes, F.S. / Kraiczy, P. / Roversi, P. / Kraiczy, P. / Skerka, C. / Kirschfink, M. / Simon, M.M. / Brade, V. / Lowe, E. / Zipfel, P. / Wallich, R. / Lea, S.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1w3z.cif.gz | 81.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1w3z.ent.gz | 65 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1w3z.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1w3z_validation.pdf.gz | 437.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1w3z_full_validation.pdf.gz | 463.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1w3z_validation.xml.gz | 17.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1w3z_validation.cif.gz | 22.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w3/1w3z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w3/1w3z | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21572.383 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN, RESIDUES 70-250 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FACTOR H BINDING DIMER SELENOMETHIONINE DERIVATIVE 由来: (組換発現) BORRELIA BURGDORFERI (バクテリア) 株: ZS7 / 解説: TICK ISOLATE GERMANY / Variant: TICK ISOLATE / プラスミド: PGEX-2T / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q7AUV9, UniProt: O50957*PLUS #2: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | RESIDUES 1-25 AND 251 WERE LACKING FROM THE CONSTRUCT | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 % 解説: TWO-WAVELENGTH MAD WITH PEAK AND LOW-ENERGY REMOTE LAMBDA 0.984 A |
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結晶化 | pH: 6 / 詳細: 25% PEG600 200 MM IMIDAZOLE PH 6.0 5% GLYCEROL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.979 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→73.3 Å / Num. obs: 10849 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 10 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 4 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.37 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.2→76.7 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT CSDX_PROTGEO / 詳細: BUSTER-TNT VERSION 1.0.3
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: BABINET SCALING / Bsol: 87 Å2 / ksol: 0.31 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→76.7 Å
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拘束条件 |
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