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- PDB-1w3c: Crystal structure of the Hepatitis C Virus NS3 Protease in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w3c
タイトルCrystal structure of the Hepatitis C Virus NS3 Protease in complex with a peptidomimetic inhibitor
要素
  • NONSTRUCTURAL PROTEIN NS4A (P4)
  • PROTEASE/HELICASE NS3 (P70)
キーワードHYDROLASE / SERINE PROTEASE / HCV / INDOLINE-BASED PEPTIDOMIMETIC INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA stabilization / DNA/DNA annealing activity / RNA strand annealing activity / RNA folding chaperone / hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated transformation of host cell / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint ...RNA stabilization / DNA/DNA annealing activity / RNA strand annealing activity / RNA folding chaperone / hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated transformation of host cell / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / protein-DNA complex / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / viral nucleocapsid / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / serine-type endopeptidase activity / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Thrombin, subunit H - #120 / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily ...Thrombin, subunit H - #120 / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / : / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / : / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / NS3 RNA helicase, C-terminal helical domain / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Trypsin-like serine proteases / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Thrombin, subunit H / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DN1 / Chem-DN2 / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種HEPATITIS C VIRUS (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Di Marco, S. / Volpari, C.
引用
ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2004
タイトル: The Design and Enzyme-Bound Crystal Structure of Indoline Based Peptidomimetic Inhibitors of Hepatitis C Virus Ns3 Protease
著者: Ontoria, J.M. / Di Marco, S. / Conte, I. / Di Francesco, M.E. / Gardelli, C. / Koch, U. / Matassa, V.G. / Poma, M. / Steinkuhler, C. / Volpari, C. / Harper, S.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: Inhibition of the Hepatitis C Virus Ns3-4A Protease. The Crystal Structures of Two Protease- Inhibitor Complexes
著者: Di Marco, S. / Rizzi, M. / Volpari, C. / Walsh, M. / Narjes, F. / Colarusso, S. / De Francesco, R. / Matassa, V.G. / Sollazzo, M.
履歴
登録2004年7月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" AND "BB" IN EACH CHAIN ON SHEET ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" AND "BB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ARE ACTUALLY 6-STRANDED BARRELS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEASE/HELICASE NS3 (P70)
B: PROTEASE/HELICASE NS3 (P70)
C: NONSTRUCTURAL PROTEIN NS4A (P4)
D: NONSTRUCTURAL PROTEIN NS4A (P4)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0076
ポリマ－42,8714
非ポリマー1,1352
水3,531196
1
A: PROTEASE/HELICASE NS3 (P70)
C: NONSTRUCTURAL PROTEIN NS4A (P4)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0033
ポリマ－21,4362
非ポリマー5681
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3040 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area8320 Å2
手法PISA
2
B: PROTEASE/HELICASE NS3 (P70)
D: NONSTRUCTURAL PROTEIN NS4A (P4)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0033
ポリマ－21,4362
非ポリマー5681
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3040 Å2
ΔGint-13.1 kcal/mol
Surface area8370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.411, 92.411, 80.007
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 PROTEASE/HELICASE NS3 (P70)


分子量: 19749.553 Da / 分子数: 2 / 断片: PROTEASE, RESIDUES 305-491 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HEPATITIS C VIRUS (ISOLATE 1) (C型肝炎ウイルス)
解説: EXPRESSED UNDER T7 PROMOTER, IPTG INDUCED / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: Q81755, UniProt: P26662*PLUS, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: タンパク質・ペプチド NONSTRUCTURAL PROTEIN NS4A (P4)


分子量: 1686.097 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 956-967 / Mutation: YES / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) HEPATITIS C VIRUS (ISOLATE 1) (C型肝炎ウイルス)
参照: UniProt: Q81755, UniProt: P26662*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-DN1 / 3-({(2S)-2-[({(1R)-1-[({(1R)-1-[(R)-CARBOXY(HYDROXY)METHYL]-3,3-DIFLUOROPROPYL}AMINO)CARBONYL]-3-METHYLBUTYL}AMINO)CARB ONYL]-2,3-DIHYDRO-1H-INDOL-2-YL}METHYL)THIOPHENE-2-CARBOXYLIC ACID / PEPTIDOMIMETIC INHIBITOR


分子量: 567.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H31F2N3O7S
#4: 化合物 ChemComp-DN2 / 3-({(2S)-2-[({(1S)-1-[({(1S)-1-[(R)-CARBOXY(HYDROXY)METHYL]-3,3-DIFLUOROPROPYL}AMINO)CARBONYL]-3-METHYLBUTYL}AMINO)CARBONYL]-2,3-DIHYDRO-1H-INDOL-2-YL}METHYL)THIOPHENE-2-CARBOXYLIC ACID / PEPTIDOMIMETIC INHIBITOR


分子量: 567.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H31F2N3O7S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED MUTATION IN CHAINS C, D THR 955 TO LYS ENGINEERED MUTATION IN CHAINS C, D PRO 970 TO LYS
Has protein modificationY
配列の詳細ENGINEERED MUTATIONS IN CHAINS C AND D WERE INTRODUCED TO INCREASE THE SOLUBILITY OF THE PEPTIDE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.42 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.934
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 16243 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.77 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1精密化
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DXP

1dxp


解像度: 2.3→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 -5 %
Rwork0.177 --
obs-15517 89.5 %
原子変位パラメータBiso mean: 51.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2714 0 78 196 2988

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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